12 ноября 1947 г. танк ИС-7 (машина №01) уже во второй раз попал в аварию. При следовании по Волхонскому шоссе в направлении пос. Володарского на неохраняемом железнодорожном переезде, не оборудованном световой сигнализацией, на участке железнодорожного перегона Лигово - Горелово экипаж машины не заметил в темноте приближавшийся пассажирский поезд, который шел без света. В результате паровоз поезда задел за дульный тормоз пушки танка, который к этому моменту уже переехал железнодорожное полотно. От полученного удара башню танка развернуло на 360°, при этом был поврежден не только ствол, но и другие механизмы башни. Только по счастливой случайности удалось избежать человеческих жертв, как со стороны экипажа танка, так и паровозной бригады.

Схема расположения мерных труб и трубок Прандтля при испытании воздушной трассы вентиляторной системы охлаждения двигателя танка ИС-7 выпуска 1946 г.

На заводе при осмотре танка были обнаружены следующие дефекты:
- погнут сектор подъемного механизма, сорвана головка верхнего болта крепления сектора, сдвинуты шашки и смята часть зубьев сектора;
- подъемный механизм вращался с заеданием, была также смята часть зубьев шестерни;
- вырвана по сварке левая цапфа люльки пушки и обнаружена трещина по сварочному шву правой цапфы.

По заключению комиссии, проводившей осмотр, пушка С-70 (№1) подлежала заводскому ремонту.

В целом, испытания первых опытных образцов танка ИС-7 выпуска 1946 г. показали, что, несмотря на соответствие машин №01 и №02 основным ТТТ, заданных правительством, ряд их узлов и агрегатов требовал доработки. В связи с этими обстоятельствами и по решению правительства в ОГК²²⁹ при филиале Опытного завода №100 приступили к проектированию нового, более совершенного варианта танка. При этом коллективу конструкторов, технологов, испытателей и производственников филиала Опытного завода № 100 и ЛКЗ пришлось решать целый ряд весьма сложных технических задач, впервые поставленных в отечественном танкостроении. Это потребовало проведения широких предварительных экспериментальных исследований.

В процессе доработки конструкции танка ИС-7 по результатам сборки и испытаний двух первых опытных образцов ОГК филиала Опытного завода №100, начиная еще с конца 1946 г., представлял в НТК ГБТУ ВС для согласования отдельные вопросы как по компоновке машины, так и по конструкции ее узлов и агрегатов, без предъявления всего проекта и макета танка в целом. Такой подход, по мнению руководства ГБТУ ВС, мог привести к появлению большого количества недоработок и несогласованных вопросов уже в изготовленных опытных образцах танка и повлечь за собой увеличение времени на их отработку. Поэтому командующий ВТ и MB ВС маршал бронетанковых войск П.С. Рыбалко был вынужден уже в январе 1947 г. обратиться к министру транспортного машиностроения В.А. Малышеву с просьбой дать указание главному конструктору ЛКЗ Ж.Я. Котину о предъявлении ГБТУ ВС на рассмотрение технического проекта усовершенствованного танка ИС-7.

В феврале того же года Ж.Я. Котин в своем ответе В.А. Малышеву подтвердил, что рассмотрение проекта ИС-7 в целом в ГБТУ ВС не проводилось. Однако в процессе разработки третьего образца машины, а также изготовления и испытания двух первых танков (машины №01 и №02), с представителями ГБТУ ВС обсуждались и согласовывались отдельные вопросы компоновки машины и конструкции основных агрегатов. Кроме того, помимо постоянного военпреда ЛКЗ, в ОГК при филиале Опытного завода №100 практически все время присутствовали представители НТК ГБТУ ВС, которые знакомились со всеми интересующими их материалами по проекту, а их замечания, оформленные соответствующими протоколами, учитывались при разработке проекта.

Вместе с технической документацией по танку ИС-7 представители ГБТУ ВС были ознакомлены с образцами дизеля ТД-30 (во время сборки и стендовых испытаний на заводе №500 МАП) и автоматизированного электропривода наводки башни и орудия (на действующем макете в ВЭИ). Одновременно ЛКЗ согласовал с ГБТУ ВС чертежи корпуса и башни, пулеметно-пушечное вооружение и оптику, ТТТ на автоматизированный электропривод башни и орудия, электромеханическую трансмиссию, дизель ТД-30, РМШ гусеницы и электро- и радиооборудование.

Таким образом, по мнению главного конструктора Ж.Я. Котина и директора ЛКЗ А.Л. Кизимы, все узловые вопросы компоновки и конструкция основных агрегатов танка ИС-7 были рассмотрены и обсуждены с представителями ГБТУ ВС, что по существу и являлось разбором проекта машины.

Выпуск технической документации по усовершенствованному танку ИС-7 («Объект 260») завершили в апреле 1947 г. Тогда же на ЛКЗ приступили к изготовлению опытных образцов машины.

Как и в 1946 г., использование большого количества разнообразных узлов и агрегатов, различных сложных систем управления вооружением потребовало развертывания широкой производственной кооперации (привлекли 20 научно-исследовательских институтов и КБ, а также 23 завода и предприятия различных министерств).

Сложная сеть кооперации и несоблюдение поставщиками сроков поставок по договорам, а иногда и отказы некоторых предприятий от заключения договоров, вызвали большие затруднения в работе и отразились на соблюдении сроков сборки и испытания опытных танков.

Несмотря на это, в течение 1947—1948 гг. в ОГК филиала Опытного завода №100 совместно с ЛКЗ под руководством Ж.Я. Котина активно занимались не только изготовлением опытных образцов танка ИС-7 и проведением их испытаний, но и совершенствованием боевых и технических характеристик машины с целью повышения огневой мощи, защищенности и подвижности.

В 1947 г. НИОКР по этим направлениям были организованы в соответствии с постановлением Совета Министров СССР №935-288 от 9 апреля 1947 г. (приказы министра транспортного машиностроения №107 от 23 апреля 1947 г. и №346 от 22 мая 1947 г.), а в 1948 г. — на основании постановления Совета Министров СССР 3253-935 от 22 июня 1948 г. (приказ министра транспортного машиностроения СССР №223 от 3 июля 1948 г.).

²²⁹ Как уже отмечалось ранее, в качестве одной из мер по повышению эффективности выполняемых работ по танку ИС-7, по предложению Министра Транспортного Машиностроения СССР В.А. Малышева с 1 января 1947 г. ОГК по тяжелым танкам на ЛКЗ и ОКБ при филиале Опытного завода №100 были объединены в один Отдел главного конструктора (ОГК) при филиале Опытного завода №100. Для проведения работ по автоматике системы управления огнем из танка и автоматике переключения передач танковых трансмиссии в составе завода была организована специальная лаборатория под руководством доктора технических наук, заведующего отделом автоматического регулирования и управления Института автоматики и телемеханики Академии Наук СССР М.А. Эйсермана.