М-9 в летной школе в Ораниенбауме
Шорт-184 (трофей Гражданской войны) в Ораниенбауме
26 декабря 1920 г. воздушную бригаду переименовали в воздушный флот Балтийского моря, его начальником назначили морского летчика Л.М. Перцеля. Сформировали 1-й и 2-й разведывательные авиаотряды и 1-й истребительный авиаотряд.
Тогда же воздушную бригаду Волжско-Каспийской флотилии переименовали в Воздушный флот Черного и Азовского морей. Начальником его назначили морского летчика М.М. Сергеева. К 23 марта 1921 г. формирование штаба Воздушного флота Черного и Азовского морей завершилось.
Вместо гидродивизионов, существовавших в морской авиации как основная организационная и административно-хозяйственная единица, перешли к отрядной системе (гидроавиационные и морские истребительные). После таких преобразований в воздушном флоте Черного и Азовского морей осталось три отряда: второй, третий и четвертый. Созданный в 1918 г. после разгрома Врангеля 2-й истребительный отряд под командованием морского летчика В.Н. Лаврова базировался в Одессе. Из остатков 12-го армейского авиационного отряда в Москве сформировали 3-й отряд, доукомплектовав его летчиками, матросами и солдатами. Он получил название гидроавиационного. После войны отряд базировался в Одессе. С 1922 г. им командовал А. Шляпников. С историей этого отряда связано имя С.П. Королева, который, будучи учеником строительной школы, проводил много времени на гидроаэродроме, выполняя обязанности нештатного механика на самолете М-9 пилота К. Боровикова. В бухте Нахимова базировался 4-й отряд, состоявший из трофейных самолётов «Альбатрос», захваченных у врангелевцев. В течение двух лет отрядом командовал морской лётчик Б. Чухновский. Центральную гидроавиационную станцию разместили в Киленбухте (Севастополь). Ее возглавил инженер-механик Е. Андреев. Личный состав станции ремонтировал самолеты и приводил в порядок авиационное имущество. К концу 1921 г. в морской авиации оставалось 36 самолетов и 622 человека личного состава. На действующие части морской авиации возлагались следующие задачи: воздушная разведка и наблюдение за противником; охрана судов и береговых объектов от налетов вражеской авиации и их отражение; обеспечение воздушной связи флота (флотилии) со штабами фронта и армии.
Тем временем в открытой и закрытой печати продолжали дискутировать о целесообразности и бесполезности объединения морской и сухопутной авиации. Сторонники разделения считали, что гидроавиация из-за слияния ее с сухопутной потеряет свою самостоятельность и займет «незаслуженно мало места в общей схеме военной организации Республики». Необходимость передачи морской авиации флоту ее сторонники (не акцентируя внимания на гидросамолетах) обосновывали соображениями оперативной целесообразности, высказывая мысль о невозможности завоевания господства на море без достижения его в воздухе. Последнее, пожалуй, справедливо, но оно не свидетельствовало о целесообразности передачи авиации флоту, а тем более о пользе гидросамолётов.
В начале ноября 1922 г. начальник Морских сил Балтийского флота М. Викторов направил письмо в Реввоенсовет Балтийского флота, в котором вновь обращал внимание на необходимость авиации для флота. Приводилась довольно объективная оценка состояния авиации: «До сего времени мы имели постепенно приходящие в ветхость аппараты устаревших образцов, а во время Гражданской войны утратили свой, выработанный за войну небольшой кадр морских лётчиков специалистов. Можно сказать определённо, что в настоящее время морской авиации не существует, ибо то, что имеется, не имеет ничего общего с морем, кроме разве 6-8 полусломанных гидросамолётов. Предлагаемый путь выхода из положения не отличается оригинальностью: «подчинить всю морскую авиацию морскому командованию; учредить специальную школу морских лётчиков, куда по возможности назначать моряков; пополнить морскую авиацию современными самолётами».
Из резолюции начальника авиагидроотделения штаба Воздухофлота Курбатова от 4 декабря 1922 г. на доклад начальника морских сил Балтийского моря Балтийского флота:
«Отсутствие самолётов — явление общее для всей авиации, причём нельзя не отметить, что в этом вопросе Морштаб проявляет не особенно большую заинтересованность, так как просьба Штаба Воздухофлота республики от 11 августа за №2561/1590 дать заключение о типах гидросамолётов и о заданиях при боевой обстановке для выбора соответствующих самолетов при загранзаказах осталась без ответа, несмотря на повторение».