Выпускнику Севастопольской школы присваивалось звание «пилот-авиатор», для военного лётчика существовал дополнительный курс. В военное время звание «военный лётчик» присваивалось в качестве поощрения.
По мере развития техники воздухоплавания и расширения школы приходилось совершенствовать методику обучения, разрабатывать новые программы и положения. Однако с обучением, особенно в первый период, далеко не всё обстояло благополучно. Уже упоминавшийся Ткачёв довольно нелицеприятно пишет о Севастопольской школе периода 1910-1912 гг. Он закончил её в ноябре 1911 г. и о происходящем мог судить вполне квалифицированно: «Обучение полётам велось без всяких объяснений: до всего надо было доходить своим умом и ощущениями... К сожалению, никто в Севастопольской не занялся анализом и обобщением опыта, накопленного русской авиацией. Продуманного и систематизированного метода обучения полётам в школе не существовало, инструкторы действовали, «кто во что горазд». Вместо того, чтобы идти по строгому пути созидания авиации, Школа иногда даже занималась очковтирательством. Неспособных учеников не отчисляли, а посылали в крепостные авиационные отряды... Неуверенность, неизведанность и неизвестность порождали у немалого числа лётчиков страх перед полётом... наши лётчики выпускались из школы в отряды недоученными и недовоспитанными».
Особая комиссия под председательством великого князя Александра Михайловича выработала утверждённое 14 марта 1911 г. очередное Положение об отделе Воздушного флота. Для получения свидетельства военного летчика продолжительность полёта увеличили до 6 часов, дальность 400 верст, предъявлялось требование уметь выполнять полёт выше рельефа местности на 1500 м, а также в туман, в дождь, ночью и при ветре более 8 метров в секунду. В связи с более осознанным пониманием значения военной авиации количество обучающихся в школе офицеров увеличили до 60, а на теоретических курсах до 30, и заказали самолеты новейших образцов. Особое внимание обратили на аппараты системы «Ньюпор», обладавшие скоростью свыше 100 верст в час. Полагали, что благодаря прочной конструкции они наиболее безопасны из всех существовавших самолётов. Решено было заказать 12 боевых и 2 учебных самолета этого типа. Увеличение посадочной и взлетной скоростей новых типов аэропланов и необходимость расширения зданий школы заставили администрацию подыскивать другое место. Подходящее поле нашли в 12 верстах от Севастополя в долине реки Качи, близ деревни Мамашай. Необходимая площадь земли была определена в 650 десятин, а средства, необходимые для покупки земли и возведения построек, оценены суммой в размере 1 050 000 рублей. Казна отпустила Комитету 400 000 рублей.
Подготовка лётчиков для морского ведомства имела свои особенности и проходила в два этапа. Начальную подготовку они получали в школе ОВФ на самолётах «Блерио» или «Фарман-4». После присвоения звания лётчики направлялись в части, где переучивались на самолёты, которыми те были вооружены.
Не отрицая ценности единых методик лётного обучения, черноморцы предложили отказаться от обучения в школе ОВФ и организовать обучение летчиков своими силами, имея в виду гидросамолеты. Своё предложение они обосновывали возможностью сократить сроки подготовки на три-четыре месяца и снижением затрат (теоретическое обучение на курсах в Петербурге не исключалось). Довод относительно снижения затрат на обучение и исключение этапа подготовки на сухопутных самолётах безусловно заслуживал внимания. Об этом и доложил в январе 1913 г. начальник Морского генерального штаба вице-адмирал А.А Ливен морскому министру адмиралу И.К. Григоровичу. Одновременно возник вопрос о подготовке «нижних чинов-специалистов». По опыту Службы связи Балтийского моря на обучение этой категории личного состава затрачивалось три-четыре месяца. Непременное условие - направлять на эти курсы желающих из специалистов, в частности сверхсрочнослужащих. Морской министр согласился с организацией подготовки морских лётчиков на Чёрном море. Если не вдаваться в формальную сторону, то это фактически разрешение на организацию первой школы морской авиации! Не исключено, что черноморцы догадывались о назревающем конфликте с руководством севастопольской школы ОВФ и не ошиблись в своих предположениях.
Капитан 2-го ранга Фогель
Начальник Морского генерального штаба 19 февраля 1913 г. доложил морскому министру: «Управляющий делами ОВФ капитан 1-го ранга Фогель, письмом на моё имя от 24 января с.г. за №186, указывал, что ОВФ вынужден иметь бипланы Фармана исключительно для обучения офицеров флота, так как офицеры Военного ведомства обучаются только на самолётах Ньюпор, то просит меня сообщить ему для доклада его императорскому высочеству великому князю Александру Михайловичу не признает ли Морское ведомство возможным приобрести теперь же для школы два учебных Фармана с 50-сильными двигателями «Гном» и один быстроходный с 80-сильным двигателем, на что потребно 25 000 рублей». Кроме того, следовало переводить в счёт оплаты за бензин, масло и прочее до 1500 рублей на каждого обучаемого. Безусловно, подобное требование было справедливым, но военное ведомство как-то запамятовало, что оно расходует деньги, которые предназначались в своем первоначальном варианте на строительство кораблей. Морское министерство не имело желания выделять 43 тысячи рублей (18 тысяч рублей на обучение 12 летчиков и 25 тысяч рублей на приобретение самолетов) - такие расходы просто не предусматривались бюджетом. Начались переговоры, в результате которых возникший инцидент удалось уладить и договориться выделять на каждого обучаемого морского ведомства по 1000 рублей, если ОВФ «заведёт для пользы дела, учебные аппараты Фармана» (в следующем году по 1200 рублей). Возможно, согласие было жёсткой позицией морского ведомства, которое заявило, что если соглашение не будет достигнуто, то практическое обучение полётам организуют в «школе императорского Всероссийского аэроклуба или непосредственно в авиационных отрядах Службы связи».