Техники загружают снарядную ленту 30 мм пушки М55 Aden. Быстросъемная крыльевая панель обеспечивала удобный доступ к механизму пушки	Saab J 35D 13-44 s/n35344 сфотографирован во время подготовки к следующему вылету. Топливный шланг подсоединен к заправочному штуцеру, расположенному в правой нише шасси.
Техники по вооружению заменяют подвесной топливный бак блоком 75 мм НАР. Для лучшей аэродинамики носовая часть блока закрыта пластиковым конусом, разрушаемым при пуске НАР.	Самолет S 35E 11-53 s/n 35953 был выпущен на базе планера J 35D s/n 35293 и сохранил оригинальный «плоский» фонарь кабины. (SFF Photo archive)

Кроме этого, новые фюзеляжные пилоны обеспечили возможность подвески двух 500-литровых топливных баков. Программа летных испытаний двигателя RM 6C началась в ноябре 1959 года на опытном самолете с серийным номером 35011 (прототип 35-11 использовался в программе испытаний J 35D, позднее на этом самолете устанавливалось различное РЭО при проведении испытаний Saab J 35F и J 37).

Летные характеристики самолета значительно улучшились, J 35D стал первым серийным вариантом, достигшим в горизонтальном полете значения скорости М=2. Кроме улучшения летных характеристик, установка более мощного двигателя позволила увеличить вес нагрузки на внешних узлах подвески до 2 200 кг.

Изменения в составе радиоэлектронного оборудования включали новый автопилот Saab FH5, радиолокатор Ericsson PS-03, совмещенный с модернизированной системой управления оружием S7A. Внешне вариант D отличался удлиненными каналами воздухозаборников и измененной верхней частью киля.

Первый образец J 35D, созданный на базе планера J 35A, взлетел 27 декабря 1960 года. Серийное производство началось в 1962 году, поставка в Flygvapnet - в следующем году. Задержки в поставках РЭО привели к тому, что первая партия из тридцати J 35D, выпущенная в 1962 году, не оснащалась радиолокаторами.

Самолеты второй производственной серии, выпущенные в период с 1964 по 1965 год (девяносто самолетов с номерами 35305-35328), получили обозначение J 35D1. Третья производственная серия (серийные номера 35329-35393), получившая обозначение J 35D2, была оснащена полным комплектом радиоэлектронного оборудования, включая радиолокатор PS-03A, систему управления оружием S7A FCS и автопилот 05.

Самолеты Saab J 35D, поступившие на вооружение с неполным составом электронного оборудования, в дальнейшем прошли модернизацию и стали соответствовать стандарту D2, после чего необходимость в делении на типы пропала, и самолеты получили единое обозначение J 35D. Модификации затронули не только радиоэлектронное оборудование. Было также установлено катапультное кресло 73SE-F, обеспечивающее аварийное покидание самолета во всем диапазоне высот и на скоростях выше 100 км/ч. Позднее на все «Дракены» установили катапультное кресло RS35 класса «0-0».