В состав палубного авиакрыла, как правило, включают две эскадрильи «Супер Хорнетов» (по одной на F/A-18E и F/A-18F) и две эскадрильи «традиционных Хорнетов».

В 2009 г. рассматривался вопрос о принятии самолетов F/A-E/F на вооружение авиации Национальной гвардии США в связи с нехваткой истребителей, несущих боевое дежурство после атаки террористов-смертников в Нью-Йорке 9 сентября 2001 г.

После 2011 г. ВМС США рассчитывают перевооружить самолетами F/A-18E еще пять эскадрилий, данный план связан с задержкой с принятием на вооружение истребителей F-35C «Лайтнинг II» и быстрым израсходованием ресурса истребителей-бомбардировщиков F/A-18A+/C в связи с боевыми действиями в Ираке и Афганистане.

По состоянию на октябрь 2010 г. на вооружении авиации ВМС США состояло 185 самолетов F/A-18E и 226 самолетов F/A-18F.

БОЕВОЕ ПРИМЕНЕНИЕ

В июле 2002 г. эскадрилья VFA-115 на борту авианосца «Авраам Линкольн» была направлена в Персидский залив - предстоял рутинный шестимесячный поход, однако плавание продолжалось десять месяцев, за время которых эскадрилья дважды принимала участие в боевых действиях против Ирака.

Первые боевые вылеты летчики этой эскадрильи выполнили на «Супер Хорнетах» еще над Афганистаном, но оружие тогда полетах не применялось. Лейтенант Стивен Уэллборн из 115-й эскадрильи так охарактеризовал эти полеты: «Полеты планировались так, чтобы на практике проверить способность самолета выполнять посадки с максимально допустимой массой, при этом применение вооружения изначально не предполагалось. Боевой вылет продолжался от пяти до шести часов с дозаправкой в воздухе. В большей степени это была демонстрация флага».

Реальные боевые вылеты с применением вооружения самолеты F/A-18E 115-й эскадрильи выполнили в конце 2002 г. в период проведения операции «Southern Watch». Истребители-бомбардировщики патрулировали запретную для полетов иракских самолетов зону и несли по две 907-кг бомбы в сочетании с подвесными топливными баками и УР «воздух-воздух». Данный вариант вооружения был выбран в расчете на посадку на авианосец с полной боевой нагрузкой, чтобы не выходить за ограничения по максимальной посадочной массе. В первых пяти вылетах оружие не применялось. В шестом вылете командир пары лейтенант-коммендер Джон Тернер получил приказ нанести удар по позициям иракских ЗПК, обстрелявших самолет коалиционных сил. На цели с двух F/A-18Е было сброшены четыре 907-кг бомбы BLU-109, поражение целей летчики наблюдали с помощью аппаратуры контейнеров ATFLIR. На отходе от цели самолеты попали под огонь зенитной артиллерии, но попаданий отмечено не было.

К Тихоокеанскому флоту относятся эскадрильи VFA-2, 14, 22, 27, 41, 86, 94, 102, 115, 122, 137, 147, 154, 195.
К Атлантическому флоту относятся эскадрильи VFA-11, 31, 32, 81, 103, 105, 106, 136, 143, 211, 213.

Самолеты других типов, состоящие на вооружении некоторых приведенных выше эскадрилий, не указаны.
Самолеты «Супер Хорнет» также имеются на вооружении экспериментально-исследовательской эскадрильи VX-23 (авиабаза Патаксент-Ривер, шт. Мэриленд) и эскадрильи боевого применения VX-30 (авиабаза Чайна-Лэйк, шт. Калифорния).