Первой двухместные F/A-18F получила эскадрилья VFA-41 авианосца "Нимитц"

Изначально на вооружение всех трех эскадрилий поступило по 14 самолетов, но вскоре, по причине медленного темпа серийного производства и увеличения стоимости программы самолета F-35 JSF, штатное количество самолетов в эскадрилье сократили до 12. Эскадрилья VFA-115 вместе с самолетами получила контейнеров ATFLIR, изготовленные для испытаний, и считавшиеся устаревшими разведывательные контейнеры AAS-38 Nite Hawk, в эскадрилью VFA-41 поступили первые серийные контейнеры ATFLIR.

Хотя «Супер Хорнеты» пришли на смену перехватчикам «Томкэт», но в отличие от последних не могли нести и применять УР большой дальности AIM-54 «Феникс», что вызвала острую дискуссию в среде палубных летчиков. Большинство посчитало замену адекватной сложившейся в мире ситуации - исчезла угроза со стороны советских дальних бомбардировщиков, вооруженных крылатыми ракетами.

В середине 90-х ВМС США предполагали привести в первой четверти XXI века все палубные авиакрылья (многоцелевое, ударное средней и ударное большой дальности) к новому типовому составу: одна истребительная эскадрилья VF (самолеты JSF), три - истребительно-бомбардировочных УРА(самолеты F/A-18/F) и одна - эскадрилья самолетов обеспечения плюс группа самолетов ДРЛО (всего 70 самолетов, из них 38 — многоцелевые истребители «Супер Хорнет»).

В 2010 г. ВМС США планировали иметь в составе каждого из десяти палубных авиакрыльев по одной эскадрилье одноместных F/A-18E и по одной эскадрилье двухместных F/A-18F, все эскадрильи именуются VFA - эскадрильи истребителей-бомбардировщиков. На вооружении двух других истребительно-бомбардировочных эскадрилий палубных авиакрыльев намечено сохранить самолеты F/A-18A+/C. Часть эскадрилий перевооружили или перевооружают с F/A-18E/F блок I на F/A-18E/F блок II. Штатно на вооружении эскадрилий состоят только одноместные или только двухместные самолеты, но иногда временно эскадрилье придаются F/A-18Е или F/A-18F. К примеру, в начале 2010 г. эскадрилье VFA-81 «Sunliners» на время похода авианосца «Карл Винсон» вокруг мыса Горн были приданы два F/A-18F; эскадрилью VFA-22 «Fighting Redcocks» полностью перевооружили с F/A-18E на F/A-18F.

В середине «нулевых» годов из-за нехватки самолетовF/A-18А+/С количество истребителей-бомбардировщиков в эскадрильях ВМС и КМП США сократили с 11 до десяти, но во всех строевых эскадрильях, вооруженных самолетами «Супер Хорнет» имеется по 12 машин. Переучивание и подготовка летчиков для самолетов «Супер Хорнет» ведется в двух эскадрильях — VFA-106 (авиабаза Оушена) и VFA-122 (авиабаза Лимур), причем на базе 106-й эскадрильи готовят летчиков для «Хорнет» и «Супер Хорнет», в то время как в 122-й - только для «Супер Хорнет».

Помимо строевых эскадрилий самолеты «Супер Хорнет» состоят на вооружении испытательно-исследовательских (test and evaluation) эскадрилий Центра боевого применения авиации ВМС США (авиабаза Фэллон, шт. Невада) и школы летчиков-испытателей ВМС США (авиабаза Пэтаксен Ривер, шт. Мэриленд). Рассматривается возможность перевооружения «Супер Хорнетами» пилотажной группы авиации ВМС США «Blue Angels» и единственной эскадрильи резерва авиации ВМС США - VFA-204 «River Rattlers» (группа и эскадрилья дислоцированы на авиабазе Нью-Орлеан, шт. Луизиана).

F/A- 18F из состава авиагруппы авианосца «Джордж Буш»