К средствам снижения заметности разработчики самолета справедливо относят аппаратуру бортового комплекса обороны. В его состав входят усовершенствованный приемник предупреждения об электромагнитном облучении, аппаратура постановки помех и буксируемая ложная цель ALE-55. Количество отстреливаемых ИК-ловушек (или дипольных отражателей) увеличено вдвое (с 60 у «Хорнета» до 120 у «Супер Хорнета»).

Важнейшим фактором повышения боевой живучести считается установка сухой системы пожаротушения, срабатывающей в автоматическом режиме по сигналам одного или нескольких из 14 оптических датчиков. Баллоны с инертным газом установлены в нижней части фюзеляжа рядом с магистралями гидросистемы и электропроводкой системы управления полетом.

Компьютерное моделирование показало, что по сравнению с F/A-18С выживаемость F/A-18E/F в воздушных боях с истребителями увеличена на 40%, а в случае противодействия только наземной ПВО - на 80%.

Увеличение массы и размеров планера привело к увеличению моментов инерции "Супер Хорнета" относительно всех трех осей, поэтому, дабы сохранить маневренность нового истребителя-бомбардировщика на уровне F/A-18C/D, разработчики увеличили скорость отклонения всех управляющих поверхностей, для чего давление рабочей жидкости в гидросистеме повышено с 210 до 350 кг/ см².

Первый F/A-18E в демонстрационном полете	Кабина "Супер Хорнета"

Серьезной модернизации подверглась система управления полетом. На F/A-18E/F используется цифровая электродистанционная САУ с четырехкратным резервированием, разработанная фирмой «Локхид-Мартин». При этом от резервной механической системы, установленной на модели C/D, полностью отказались. Тросовая проводка сохранилась только в механизме выпуска посадочного гака. Использование полностью электронной системы управления позволило уменьшить запас статической устойчивости, за счет чего стало возможным сохранить маневренные характеристики на уровне меньших по массе и габаритам F/ А-18 предыдущих вариантов. Новая ЭДСУ вкупе с аэродинамическими улучшениями позволяет F/A-18E/F маневрировать с углами атаки 40 град. В случае отказов или повреждений элементов системы управления или поверхностей управления ЭДСУ «переконфигурируется» без вмешательства летчика. Так, при повреждении одной из консолей стабилизатора, управление осуществляется с помощью других аэродинамических поверхностей. Более сложная ЭДСУ потребляет большую мощность, поэтому количество источников электроэнергии пришлось увеличить с трех на C/D до девяти на E/F.

Наиболее бросающимся в глаза внешним отличием "Супер Хорнета" от просто "Хорнета" являются прямоугольные воздухозаборники, имеющие большую площадь сечения по сравнению с полукруглыми воздухозаборниками F/A-18C/D. Применение новых воздухозаборников вызвано установкой на самолет новых двигателей с большим расходом воздуха; воздухозаборники данного типа также позволяют расширить допустимый диапазон углов атаки.

На F/A-18E/F установлены два ТРДДФ Дженерал Электрик F414, разработанные на основе ТРДДФ F404 самолета «Хорнет». В определенной степени двигатель F414 является увеличенным вариантом ТРДДФ F404, вместе с тем в его конструкции использованы решения, апробированные на перспективном двигателе Дженерал Электрик YF120, предназначенном для установки на истребители, и ТРДД F412, разрабатывавшемся для малозаметного ударного самолета А-12. Мощность ТРДДФ F414 увеличена на 35% в сравнении с двигателем F404-400 самолетов F/A-18A/ В и на 25%, больше, чем у ТРД F404-402 самолетов F/A-18C/D.

За основу оборудования «Супер Хорнета» взято БРЭО F/A-18C 19-й производственной серии (Lot 19). В наибольшей степени изменения коснулись приборного оборудования кабины, основу которого составляют четыре многоцелевых индикатора. В центре вверху приборной доски установлен большой цветной индикатор MPCD (Multi-Purpose Color Display), левее и правее которого расположены монохромные индикаторы меньшего размера. Ниже индикатора MPCD находится жидкокристаллический индикатор с активной матрицей. На пятый экран небольшого размера, установленный в передней кабине F/A-18F (и в кабине F/ А-18Е) ниже левого монохромного индикатора выводится информация о работе двигателей и состоянии топливной системы, включая остаток топлива. В передней кабине F/ A-18F (и в кабине F/A-18E) установлен индикатор на фоне лобового стекла (ИЛС) большой площади.