В свое время В-1В рекламировался как первый в мире самолет, способный самостоятельно защитить себя от средств ПВО за счет работы БКО. Специальные испытания БКО серийного самолета, проведенные в 1988 г., показали, что реальные характеристики БКО AN/ ALQ-161 весьма далеки от заявленных, хотя обеспечивают прорыв существующей советской ПВО, но только на малой высоте и с высокой скоростью, а против перспективных советских систем ПВО данный комплекс почти бесполезен. К тому же среднее время наработки на отказ системы AN/ALQ-161 составляла 13 ч. Между тем, в новом «обычном» качестве самолет предполагалось использовать со средних высот, поэтому совершенствованию БКО придавалось первостепенное значение. Была принята крайне амбициозная программа совершенствования БКО, получившая название DSUP (Defensive System Upgrade Program), однако в связи с сокращением ассигнований на военные нужды в полном объеме она реализована не была, а лишь частично - на вариантах Блок Е и Блок F. Тем не менее совершенствование БКО продолжилось — в 2008 г. на базе ВВС Эглин в составе 337-й летно-испытательной эскадрильи проводились испытания В-1В из 7-го авиакрыла с целью оценки работоспособности и эффективности РЛС обзора задней полусферы.

В-1В оснащен системой самоконтроля, отслеживающей порядка 22 000 параметров. В начале эксплуатации система в каждом полете выдавала порядка 350 ложных отказов, причинами которых являлись некачественные датчики, обрывы и замыкания электропроводки. К 1990 г. количество ложных отказов снизили до пяти.

Длительное время не удавалось отладить электросистему. На трех самолетах (47-й, 48-й и 49-й серийные) неоднократно отказывали электрогенераторы. 48-й В-1В (85-0088) вообще оказался с электрической точки зрения злосчастным: в полете 9 февраля 1988 г. на нем полностью «вырубилось» все электропитание. Экипаж, тем не менее, выполнил успешную посадку, но затем потребовалось 40 минут, чтобы остановить двигатели, так как связанные с движками лишь «потоком свободных электронов» РУДы не функционировали.

Проблемы с БРЭО, в общем-то, были ожидаемы и не удивительны — нечто подобное случалось (и случается) с любым от души начиненным электроникой аэропланом. Иное дело «механика». В-1В долгое время оставался «чемпионом»

ВВС США среди боевых самолетов по количеству протечек топлива из баков. Сильнее текли только заправщики КС-135 и транспортные С-141. На пике протечек стоянки «стратегов» приходилось отмывать от керосина чуть ли не ежедневно. Течь интегральных баков объяснялась использованием в конструкции самолетов металлов с разными коэффициентами теплового расширения и неудовлетворительной герметизацией заклепочных швов (общая длинна заклепочных швов составляет 8 км, использовано 292 500 заклепок). Особенно интенсивно текли крыльевые баки самолетов II, III и IV серий, протечки топлива также отмечались и в фюзеляжных баках. Для выполнения полетов на некоторых самолетах «дырявые» баки выключали из общего контура топливной системы, но иногда из-за протечек керосина самолеты просто оставались на земле. На В-1В №№ 2, 3, 4 и 5 испытывались различные способы герметизации заклепок, лучшим признали прокладки на основе углеродного компаунда. Такие прокладки стали ставиться на все серийные самолеты, начиная с 46-го, после чего протечки топлива практически прекратились. В регламент технического обслуживания ввели специальные проверки на герметичность баков, однако «спасали» они не всегда.

26 мая 1989 г. проверка на герметичность В-1В (83-0066) на авиабазе Тинкер прошла успешно, но технический расчет не снял заглушки, герметизирующие баки в ходе выполнения проверки. В результате после закачки 24 т керосина произошел разрыв топливного бака № 2, образовалась дыра размером 2,4 х 2,4 м в обшивке верхней части фюзеляжа, были повреждены пять шпангоутов. Ремонт бомбардировщика занял шесть месяцев.

B- 1В в полете на малой высоте