Катастрофа второго В-1А заставила ВВС и фирму Рокуэлл провести глубокую трехэтапную модернизацию системы управления полетом (главным подрядчиком данной модернизации являлась фирма Сперри). Целью модернизации являлось не только повышение безопасности полетов, но также увеличение радиуса действия за счет расширения диапазона допустимых углов атаки. На первом этапе SIS1 (Stall Inhibitor System No. 1 — система предупреждения о сваливании № 1) изменению подверглось программное обеспечение, после чего сравнение реального угла атаки с предельно допустимым стало выполнять несколько раз в секунду; в случае если угол атаки достиг 80% от угла атаки, на котором начинается сваливание, в систему управления полетом выдавался сигнал, блокирующий управляющее воздействие РУС на дальнейшее повышение угла атаки. Если угол атаки все-таки достигал значения 95% от критического, то блокировалась сама ручка. Испытания SIS1 были завершены в марте 1988 г. С марта по июнь 1988 г. доработку под SIS1 выполнили на 17 В-1В. Остальные 88 В-1В с марта 1988 г. по июнь 1990 г. прошли доработку под установку системы SIS2 с более радикально измененным ПО и подсистемой повышения устойчивости SEF, значительно улучшившим устойчивость самолета в полете. В комплект SIS2 входили дополнительные более точные датчики угла атаки, за счет чего удалось расширить диапазон эксплуатационных углов атаки (SIS1 диапазон допустимых углов атаки не расширяла). На 17 В-1В системы SIS1 заменили на SIS2 в ноябре 1988 - январе 1992 гг.
Несмотря на длительный опыт эксплуатации самолетов F-111, способных выполнять полет в режиме огибания рельефа местности, на начальном этапе эксплуатации В-1B отмечались сложности с выполнение таких режимов. Согласно заложенному с систему алгоритму, бомбардировщик невысокие возвышенности «перепрыгивал», а серьезные высоты и горы обходил. РЛС в режиме следования рельефу местности просматривала зону на 16 км, чего иногда оказывалось недостаточно при выполнении маневра по курсу в гористой местности — новая гора возникала неожиданно и система не успевала среагировать должным образом. Проблему удалось решить, повысив дальность обнаружения препятствий при выполнении самолетом виража (обходного маневра). Тем не менее, система следования рельефу местности оставалась уязвимым местом «В-One» на протяжении многих лет: малый ресурс, частые отказы. Самопроверка системы проводилась 16 раз в секунду — на начальном этапе эксплуатации каждая такая проверка выявляла порядка 500 ложных команд или сигналов! Нередкими были случаи, когда из-за ложных команд системы следования рельефу местности самолет переводился в резкий набор высоты с перегрузкой 2,4g в среднем каждые три минуты, в то время как ВВС требовали при полете над любой местностью, чтобы время между переводами в набор высоты с резким возрастанием перегрузки было не менее 15 минут. Сама система и ее ПО интенсивно дорабатывались, однако, испытания весной 1988 г. новых версий радикального улучшения в работе системы следования рельефу местности не выявили. Лишь в 1989 г. появилась версия блок 8.1, удовлетворившая требования ВВС. Доработка режима картографирования позволила экипажу изменять полетное задание непосредственно в воздухе.
Бортовой комплекс обороны самолета В-1В иначе как скандальным долгое время не называли. БКО рассчитывали на подавление исключительно советской системой ПВО, то есть — самой современной и самой сложной. В теории БКО в составе станций подсистем ALQ-161А и ASQ-184 был способен идентифицировать и подавить любую советскую РЛС, разработки 60-70-х годов, а также бортовые РЛС перехватчиков и «радийные» головки самонаведения ракет воздух-воздух. А вот против РЛС образца 80-х годов БКО оказался бессилен.
БКО постоянно дорабатывали и модернизировали, меняли комплектацию подсистем — в результате в 1986 г. не нашлось и двух В-1В, БКО которых были бы идентичными. В 1986 — 1987 г.г. ВВС приняли трехэтапную программу совершенствования БКО, которую планировалось завершить к 1992 г. На первом этапе, Mod 0, комплексы всех самолетов приводились к единому стандарту. На этапе Mod 1 БКО получил программное обеспечение версии блок 4.0, обеспечивающее работу как в автоматическом, так и в ручном режиме, и повысившее достоверность идентификации «угрозы». Испытания Mod 1 проводились в марте — июне 1988 г. и показали, что доработанный БКО способен одновременно идентифицировать и ставить помехи десяти объектам. Испытания Mod 2 были запланированы на 1988 — 1989 г.г., установка на самолеты — на 1992 г., однако в 1988 г. работы по данному варианту комплекса свернули в пользу «промежуточной» доработки Mod 1.
До заданных на этапе разработке параметров БКО самолета В-1В довести не удалось, но в начале 90-х годов БКО в задуманном изначально виде просто потерял актуальность в связи с исчезновением с карты мира СССР. Американцам честно сказали — серьезной угрозы со стороны ПВО для В-1В больше нет.
Неоднократно в западных СМИ всплывала информация, правда, без конкретной детализации, что БКО В-1В наиболее успешно ставил помехи собственным «наступательным» системам бомбардировщика, то есть не обеспечивалась электромагнитная совместимость БРЭО: «наступательные» и «оборонительные» системы «конфликтовали» друг с другом. К примеру, антенны БКО принимали излучение от бортовой РЛС и классифицировали его как «угрозу», после чего включался постановщик помех, естественно на рабочих частотах бортовой РЛС. Частоты РЛС APQ-164 и постановщика помех разработчикам радиолокатора удалось «развести» путем доработки программного обеспечения. Наконец, не лишним будет отметить массу БКО — 2,5 т.