Отстрел инфракрасных ловушек
Неоднократно отмечались случаи обрыва электропроводки в ходе установки крыла в положение максимальной стреловидности. Из-за неправильной работы механизма изменения стреловидности на предстартовой проверке у В-1В (84-0051) левая консоль не остановилась при достижении минимального угла стреловидности и пробила топливный бак № 2.
Из-за частых отказов компрессоров двигателей F101 фирме Дженерал Электрик пришлось разработать для компрессоров новые лопатки и изменить их крепление. Для компрессоров первой ступени ввели обязательный предполетный внешний осмотр, более тщательный осмотр производился через каждые 25 часов наработки. Противообледенительная система воздухозаборников работала неудовлетворительно, заставить ее работать «как следует» удалось только в конце 90-х годов.
Один из лучших инженеров ВВС США Ивонна ДеЛаурирс отмечал, что больше всего проблем у технического состава было именно с двигателями, которые в начале эксплуатации в среднем надежно работали не более 9 часов.
Нарекания вызывала прочность планера. Первые трещины в конструкции были отмечены после выполнения интенсивных полетов с высокими скоростями на малых высотах. Трещины лонжеронов крыла обнаружили на 38 самолетах, налетавших более 700 ч. В местах трещин установили накладки из легкого сплава, но в июле 1991 г. на 16 бомбардировщиках нашли новые трещины, которые спровоцировали отверстия под болты прочностных накладок, установленных ранее. Взамен металлических фирма Рокуэлл разработала боро-эпоксидные накладки, которые установили на всех 96 «летных» В-1В; накладки крепились клеем.
Трещины находили также в узлах крепления приводов уборки/ выпуска основных опор шасси, которые пришлось перепроектировать с заменой титана на сталь. Из-за усталостной потери прочности узлов крепления в полетах произошло несколько случаев отрыва генераторов вихрей. Из-за трещин в остеклении кабины в 90-е годы пришлось разрабатывать новое остекление.
Достаточно надежной считается система катапультирования. За всю историю В-1В только один член экипажа погиб из-за неисправности катапультного кресла.
Из-за неудачной конструкции замка минимум трижды в полете срывало аварийные люки штурманской кабины.
По окончанию Холодной войны была реализована программа модернизации CMUP (Conventional Mission Upgrade Program), целью которой являлось превращение В-1В из, прежде всего, носителя ядерного оружия в эффективную платформу применения авиационных средств поражения с неядерной боевой частью. Одно время целесообразность поддержания в пригодном к полетам состоянии затратных и не очень надежных в эксплуатации самолетов «В-One» самым серьезным образом подвергалась сомнению. Однако, В-1В с точки зрения массы боевой нагрузки превосходил любой другой самолет американских ВВС, данный фактор перевесил все остальные. Простые расчеты показывали — в трех фюзеляжных отсеках и на шести внешних узлах подвески самолет способен нести 84 бомбы Мк.82 калибра 227 кг.
Реализация программы стоимостью 2,7 млрд. долл. началась в 1993 г. Стимулом к появлению программы CMUP стало подписание договора ОСВ-2, согласно условиям которого 100 тяжелых бомбардировщиков подлежали исключению из ядерной триады. Все немодернизированные самолеты обозначались В-1В Блок А.
Первым этапом стала доработка самолетов в вариант В-1В Блок В, в ходе которой совершенствовались наступательные бортовые системы и повышалась надежность работы бортового комплекса обороны. Данный этап был завершен в 1995 г.