Основным новшеством Т-90 по сравнению с «семьдесятдвойками» является наличие полноценного комплекса управления огнем 1А45Т, созданного путем адаптации КУО 1А45 «Иртыш» танка Т-80У к башне и исполнительным механизмам Т-72Б. КУО обеспечивает наводчику днем и ночью, с места и в движении ведение прицельного огня из пушки и спаренного с ней пулемета, стрельбу управляемым оружием. КУО обеспечивает командиру поиск, обнаружение и опознавание целей, выдачу целеуказания наводчику, ведение прицельной стрельбы из любого оружия танка во всех условиях эксплуатации танка. В состав КУО входят: система управления огнем 1А42, прицельно-наблюдательный комплекс командира ПНК-4С, тепловизионный прицел наводчика.

СУО состоит из дневного лазерного прицела-дальномера 1Г46 со встроенным блоком автоматики 9С517 КУВ 9К119 «Рефлекс» и электронного баллистического вычислителя 1В528-1 с комплектом датчиков, позволяющим автоматически вычислять и вводить поправки на температуру заряда, тип снаряда, дальность, угловые скорости цели и танка, крен (угол наклона цапф орудия) и скорость движения танка, степень износа канала ствола пушки, а с помощью емкостного датчика ДВ-Е — температуру воздуха, атмосферное давление и скорость бокового ветра.

Прицельно-наблюдательный комплекс командира ПНК-4С обеспечивает командиру наблюдение за местностью, поиск и обнаружение цели, целеуказание и корректировку огня, ведение прицельного огня из пушки и спаренного с ней пулемета во всех условиях в режиме «Дубль», ведение прицельной стрельбы из ЗПУ по воздушным и наземным целям. В состав ПНК-4С входит прибор ТКН-4С «Агат-С», датчик положения пушки, система управления ЗПУ 1ЭЦ29 с прицелом ПЗУ-7.

Вместо пассивно-активного ночного прицела наводчика 1К13-49 (Т-72Б) на Т-90 установлен тепловизионный комплекс, состоящий из активно-пассивного ночного прицела ТО1-КО1 «Буран-ПА», либо тепловизионного прицела ТО1-ПО2Т «Агава-1». Однако из-за проблем с производством «Агавы» на серийных Т-90 Российской Армии установлены прицелы «Буран» [9]. «Агавой» были оснащены только две опытные машины [10]. Точность наведения также обеспечивается более мощным стабилизатором вооружения 2Э42-4 «Жасмин» (на Т-72Б — 2Э42-2) [11].

Ходовая часть всех Т-90 первых серий выпуска, поступивших в войска, была полностью идентична танку Т-72Б.

На Т-90 установлен комплекс встроенной динамической защиты. ВДЗ «Контакт V» разработана в московском НИИ Стали и в комплексе с пассивным комбинированным бронированием гарантирует защиту танка от 120-мм БПС М829 [ 12] и ПТУР типа НОТ, MILAN-2, TOW-2. По информации разработчика — НИИ Стали, КДЗ танка Т-90 обеспечивает повышение защиты танка от кумулятивных средств поражения в 1,9—2,0 раза, а от поражения БПС — в 1,2 раза. Площадь лобовой проекции, прикрытая КДЗ при курсовом угле 0°, составляет более 55%; при курсовом угле 20° корпус прикрыт на 45%, при угле 35° башня прикрыта также на 45%. Общее количество секций ДЗ составляет 26 штук [13]. Из них на башне танка располагаются 8, на верхней лобовой детали корпуса — 12 и на бортовых экранах — 6 секций. При этом на башне размещены 6 полноразмерных V-образных секций, одна более узкая по ширине V-образная конструкция и один одиночный контейнер — такой же, как один из блоков, составляющих V-образную секцию слева от пушки, но перевернутый горизонтально и закрепленный к башне с наклоном.

Кроме блоков «Контакт V», на крыше находится 21 контейнер ДЗ, специально разработанной для защиты крыши башни. На бортовых противокумулятивных резинотканевых экранах, помимо 6 секций ДЗ (по три с каждого борта), имеются крепления еще под две дополнительные секции — по одной на каждый борт. Так, на испытаниях в НИИ-38 в Кубинке на бортовых экранах Т-90 непродолжительное время монтировались по 4 секции КДЗ на борт. Общая масса комплекта ДЗ на машине составляет 1,5 т.

На Т-90 был впервые серийно установлен комплекс оптико-электронного подавления «Штора-1», включающий систему автоматического кругового обзора, обнаружения и защиты от противотанковых снарядов с лазерными головками самонаведения, которая автоматически создает помехи комплексам управления ПТС с лазерными дальномерами и целеуказателями, и станцию оптико-электронного подавления, защищающую машину от поражения управляемыми снарядами с полуавтоматическими системами наведения.

Для повышения эффективности борьбы с возможными очагами возгорания внутри машины применена автоматическая система пожаротушения ЗЭЦ13-1 «Иней». Система пожаротушения 2-кратного действия включает 4 баллона с огнегасящей смесью хладон 114В2 и 13В1, а в МТО установлены 10 оптических и 5 термодатчиков.