С 1890 г. Зиновий Петрович последовательно командовал клиперами (с 1892 г. крейсерами 2 ранга) «Наездник» и «Крейсер», канонерской лодкой «Грозящий», крейсером I ранга «Владимир Мономах», броненосцем береговой обороны «Первенец». Позже его назначили начальником учебно-артиллерийского отряда, а затем артиллерийского отряда Балтийского флота, где ему удалось значительно продвинуть вперед артиллерийское дело в нашем флоте. Это обратило на себя внимание Николая II, и З.П. Рожественского зачислили в царскую свиту. Командуя различными кораблями и соединениями, Зиновий Петрович зарекомендовал себя знатоком морского дела, строгим и требовательным начальником — для него не существовало слово «невозможно».

В 1903 г. контр-адмирала З.П. Рожественского назначили начальником Главного морского штаба с правами товарища (заместителя) управляющего Морским министерством. Он постоянно ратовал за создание крупного броненосного флота и поддерживал идею достижения победы в морской войне путем разгрома противника в генеральном сражении. Начавшаяся война с Японией вызвала энергичную деятельность адмирала по усилению военно-морских сил. Репутация опытного деятельного моряка с железной силой воли во многом повлияла на решение о назначении З.П. Рожественского в апреле 1905 г. командующим Второй эскадрой флота Тихого океана. Готовя ее к походу, адмирал узнал истинную цену этой армады и не тешил себя несбыточными надеждами на победу, но, верный долгу, как подметил близко знавший Рожественского автор знаменитой «Расплаты» капитан II ранга В. Семенов, никому не уступил бы чести быть первым в рядах людей, добровольно идущих к кровавому расчету. Получив известие о гибели в Порт-Артуре Первой эскадры, адмирал решил, что единственный шанс на успех — немедленное движение вперед и прорыв во Владивосток. Однако по воле Петербурга эскадра надолго застряла на Мадагаскаре. На кораблях начались усиленные учения, выходы в море для практической службы и маневрирования. Но каждый снаряд был на вес золота, и скрепя сердцем в одном из приказов адмирал писал: «...надо учиться не покладая рук. Мы не можем тратить много запасов для учебной стрельбы... Если Бог благословит встречей с неприятелем в бою, то надо беречь боевые запасы...»

На палубе крейсера "Светлана". Император Николай II и адмирал З.П. Рожественский во время смотра корабля в Либаве.