Эшелон с истребителями МиГ-1 прибыл к месту назначения 26 января, а к 3 февраля были собраны первые пять самолётов. К этому же времени бригада инструкторов подготовила к вылету 31 лётчика, но до 5 февраля нелётная погода не благоприятствовала полётам. Между тем 1 2 техников, прошедшие переподготовку на заводе №1, готовили к эксплуатации новой матчасти остальной техсостав полка, совмещая учёбу со сборкой истребителей.

6 февраля в Белосток прибыл второй эшелон. В этот же день к полётам подготовили девять самолётов МиГ-1, а погода позволила выпустить восемь человек руководящего состава полка. Сборка всех 60 полученных истребителей завершилась к 20 февраля. К началу марта на МиГах было выпущено 36 лётчиков, и ещё шесть подготовлено к самостоятельным полётам.

После убытия бригады инструкторов переучивание лётно-технического состава 41-го авиаполка продолжилось как в месте постоянного базирования, так и на заводе №1. Одновременно с 41-м иап к программе переучивания на новую матчасть были привлечены и другие истребительные авиаполки 9-й авиадивизии - 124-й, 126-й и 129-й иап. Выпуск руководящего лётного состава этих полков также был организован и прошёл под руководством бригады инструкторов на базе 41-го иап.

Одновременно с ходом серийного производства продолжалось совершенствование истребителя МиГ-3 в части улучшения лётно-тактических, технических и эксплуатационных характеристик, а также устранение выявленных конструктивных и производственных недостатков. На 2 апреля, то есть к моменту получения из НИИ ВВС КА отчёта по государственным испытаниям МиГ-3, не менее 70% указанных в нём дефектов были уже устранены в серийных чертежах или на самолёте. А к середине апреля по дефектам, предъявленным военным представительством, на заводе №1 провели более 1800 изменений в чертежах и на самолёте. Уже в мае 1941 г. военпреды отметили значительное улучшение качества выпускаемой продукции. В свою очередь выпуск МиГов несколько ограничивала несвоевременная поставка отдельных агрегатов, деталей и материалов. Так в июне завод №66 НКВ не додал 200 пулемётов БС, завод №355 НКВ с большими перебоями поставлял прицелы ПБП-1А и недопоставил в первом полугодии 203 комплекта, а Ижорский завод НКСП не додал в этот же период 550 бронеспинок А-61. Срыв поставок также допустили ещё шесть предприятий различных наркоматов.

Пролёт унифицированных стапелей сборки центроплана истребителей МиГ-3 на заводе № 1 им. Авиахима

Монтаж мотора АМ-35А на мотораму

В первом полугодии 1941 г. из строевых частей по истребителю МиГ-3 поступило пять рекламаций. Основным и наиболее опасным производственным дефектом считался прострел лопастей винта вследствие самопроизвольной разрегулировки синхронного привода пулемётов. Поэтому, помимо обеспечения серийного выпуска МиГов и устранения выявленных дефектов на выпускаемой продукции, завод №1 проводил большую работу по доработке в строевых частях ранее выпущенных самолётов. На этих работах до начала войны в среднем ежемесячно было занято 100-120 рабочих и ИТР. Кроме этого в военных округах постоянно находилась инспекторская группа, следившая за правильной эксплуатацией МиГов и дававшая необходимые указания лётно-техническому составу по эксплуатации и ремонту. Например, благодаря продолжительному присутствию заводского инспектора в Закавказском военном округе, последний в течение года не предъявил заводу №1 ни одной претензии и хорошо освоил эксплуатацию истребителя МиГ-3.