Серийный истребитель EF2000, использовавшийся в качестве опытного самолета IPA5	Кабина EF2000

В результате нехватки запасных частей к некоторому оборудованию полеты на самолете DA4 периодически останавливались. Поэтому к середине апреля 2000 г., когда было принято решение его модернизировать, он выполнил всего 97 полетов при налете 98 ч 57 мин. В течение полутора лет самолет находился на заводе, где на нем заменяли практически полностью комплекс авионики и устанавливали усовершенствованное электрооборудование.

Летные испытания самолета DA4 возобновились в ноябре 2001 г. В первом после перерыва полете прошли проверку система управления, силовая установка, бортовая РЛС «Кэптор», оборудование, связанное с эксплуатацией УР AIM-120 AMRAAM, и система предупреждения об опасном сближении с землей GPWS. В последующих полетах основное внимание уделялось испытаниям РЛС, работе системы GPWS и пускам ракет AMRAAM и ASRAAM. Первый боевой пуск ракеты AMRAAM против беспилотной мишени состоялся в апреле 2002 г. на морском полигоне в Бенбекьюла (Гебридские острова). На этом же самолете была выполнена первая ночная заправка топливом в полете. Всего истребитель DA4 совершил 186 полетов, налет составил 220 ч. Следует также отметить, что кроме опытных истребителей DAI — DA7 в летных испытаниях приняли участие пять первых серийных самолетов, получивших обозначения IPA1 - IPA5 (Instrumented Production Aircraft). От опытных самолетов истребители IPA отличались наличием полного комплекта БРЭО и других систем, они также не имели ограничений по летным режимам. Все 12 самолетов налетали почти 3800 ч. Кроме самолетов, принимавших участие в летных испытаниях, были построены восемь планеров для статических и усталостных испытаний.

В начале мая 2001 г. консорциум «Еврофайтер» объявил о выдаче контракта стоимостью 949 млн. долл. на разработку и поставку пилотажных стендов всем странам-участницам. По программе, получившей название ASTA, должно быть изготовлено 18 пилотажных стендов FMS, позволяющих полностью моделировать боевую задачу (воздушный бой, применение оружия и РЭБ), и девять интерактивных тренажеров CT/IPS-Е для обучения летчиков. Основными исполнителями контракта стали фирмы «БАЕ Системз» и «Талес».

В середине 2001 г. вновь пошли разговоры, что программа разработки истребителя Еврофайтер EF2000 снова выбилась из графика и расходы на нее достигли 5,43 млрд. долл. вместо запланированных 4.09 млрд. долл. Общая стоимость программы разработки самолета оценивалась почти в 90 млрд. долл. (с учетом постройки 620 серийных истребителей). Перед подписанием контракта на поставку первой партии истребителей Национальное аудиторское управление Великобритании потребовало, чтобы ВВС Великобритании закупало самолеты по цене 66 млн. долл. (или за 100 млн. долл. с учетом затрат на НИОКР). В 2007 г. один самолет стоил 122.5 млн. долл. (88,4 млн. евро).

В конце июля 2002 г. страны-участницы программы разработки самолета EF2000 официально приняли решение дать самолету название «Тайфун» в честь английского истребителя времен Второй мировой войны.