Специализированные помеховые Ан-12, набитые массой громоздкой аппаратуры, были ощутимо тяжелее обычных транспортников. Ан-12БК-ППС постоянно летали со взлетным весом 61-63 т, считавшимся предельным для транспортных машин. Соответственно меньшей была дальность, в строю тяжелые "помеховики" отставали, вынуждая всю группу держать меньшую скорость, особенно после «разгрузки» десанта над целью при отходе. Другим недостатком являлись дефекты электромагнитной совместимости мощной РЭБ и бортовых систем: включение СПС нарушало работу навигационного и радиотехнического оборудования, грозя оставить самолет без связи. Не легче приходилось и бортовым операторам по авиаоборудованию, электрогенераторам и РЭБ, находившимся в грузовой кабине под непрерывным шумом, источником которого были не только винты, но и аппаратура, гудевшая на разные лады. Блоки и усилители «светили» высокочастотным и СВЧ-излучением, не лучшим образом переносимым организмом, а отсутствие полноценного кондиционирования делало их работу окончательно незавидной.
В то же время 117-й полк работал практически во всех крупных учениях, проводившихся на территории Советского Союза, от западных округов и стран союзников до Дальнего Востока.
Помимо обычных задач на прикрытие транспортных групп, «шумовики» привлекались к проверке собственной ПВО, позволявшей оценить подготовку зенитчиков и их способность действовать в сплошной помеховой обстановке, параллельно контролируя уровень и выучку самих постановщиков. При одном из таких заданий 21 января 1977 года тройка Ан-12БК-ППС из 117-го авиаполка РЭБ из Шауляя ночью вылетела на проверку Московской зоны ПВО. На маршруте они должны были вести постановку активных и пассивных помех. Одновременно Ан-12 выполняли роль учебной цели для истребителей ПВО. Пара Су-11, поднявшись с аэродрома Хотилово, была наведена на цель и предприняла учебную атаку на шедший первым Ан-12. Наблюдая цель в лунном свете, ведущий истребитель в наборе высоты прошел у него за хвостом. Однако перехватчики не представляли себе боевого порядка постановщиков, считая, что имеют дело с одной целью, и ведомый, следуя за командиром, на восходящем маневре врезался в крыло второго Ан-12 ст. лейтенанта В.Н. Саяпина. При расследовании сочли, что одной из причин катастрофы, в которой погибли оба экипажа: и истребителя, и Ан-12, стала ненадежная связь при работе помеховой станции, препятствующей прохождению команд.
Летчики 679-го ОИТАП у самолета Ан-12. Назначением полка являлось обеспечение деятельности Сары-Шаганского полигона ПВО
Самолет Ан-12ПП на стоянке аэродрома Чколовская
Другая известная катастрофа с Ан-12БК-ППС произошла 1 сентября 1988 года при выполнении задания по обеспечению учений дивизии ПВО одной из стран Варшавского Договора. Заход на посадку на аэродром "Приволжский" летчик выполнял со значительными кренами до 40-45°, круто снижаясь с большой вертикальной скоростью. На малом газу на глиссаде он обнаружил недостаток высоты, решил компенсировать ее рулями и вывел самолет на закритические углы атаки. Машина полностью потеряла скорость и управляемость, "посыпалась" вниз и столкнулась с землей недалеко от ВПП. При ударе о землю самолет разрушился, экипаж майора Р.Р. Сахаутдинова и пассажиры погибли. Происшествие было достаточно неординарным — Ан-12 отличался нормальным поведением даже при небольших скоростях и "уронить" его случалось крайне не часто. В этом случае причиной катастрофы, по заключению аварийной комиссии, стали грубые нарушения и ошибки командира экипажа в технике пилотирования, буквально загнавшего самолет на срывной режим (тем более, что посадочный маневр постановщика помех с большей массой и ухудшенной аэродинамикой следовало строить с запасом скорости).
Постановщики помех использовались и в целях "военно-научного" характера: Ан-12 с аппаратурой РЭБ задействовались при испытаниях и отработке систем помехозащищенности отечественных зенитных комплексов.
Самолеты Ан-12, транспортные и постановщики, использовались еще одним полком — 679-м отдельным испытательным транспортным, находившимся при полигоне ПВО в казахстанском Сары-Шагане. Задачей полка являлось обеспечение проводившихся на полигоне испытаний по отработке новой техники ПВО.
Лишь к концу 90-х годов постановщики стали переоборудовать в обычные транспортники, благо они обладали еще значительным запасом ресурса - все же летать им приходилось меньше.