Из состава экипажа корабля погибли 225 матросов, 2 кондуктора, мичман Игнатьев и трюмный инженер-механик — всего 229 человек. Ранения и ожоги получили 85 человек. В момент гибели корабля водяной воронкой затянуло под воду также небольшой паровой катер, спасавший плававших на поверхности людей [1,2,3,4,5].

Гибель одного из двух новейших дредноутов, которыми располагал в то время русский Черноморский флот, в условиях войны явилась, безусловно, тяжелой потерей, сравнимой разве что с национальным бедствием, достаточно сказать, что одна только постройка корабля обошлась казне в 29 миллионов рублей, что соответствовало в то время 28 тоннам золота. Для получения таких средств государству необходимо было продать за границу не менее 500 тысяч тонн зерна либо отобрать у крестьян в виде налогов не менее 400 тысяч лошадей [6].

Взрыв на «Императрице Марии» вызвал широкий резонанс по всей стране. При этом, естественно, не обошлось без обвинений в адрес германских шпионов, которые якобы пронесли на линкор мину и взорвали его. Причем эти обвинения не имели никаких доказательств.

Расследование причин гибели линкора было поручено специальной комиссии под председательством адмирала Н.М. Яковлева, которая на следующий же день после гибели корабля выехала из Петрограда в Севастополь. В состав членов комиссии входил также известный русский кораблестроитель А.Н. Крылов.

Как установила комиссия, корабль погиб в результате пожара, возникшего в носовом погребе пороховых зарядов 305-мм орудий. Пожар привел сначала к взрыву пороха, а затем и части снарядов в смежных с носовой башней помещениях погребов боезапаса 130-мм орудий. Одним из взрывов в погребе 130-мм орудий правого борта была нарушена герметичность корпуса корабля, а последовавшее за этим затопление разрушенных взрывами отсеков стало причиной опрокидывания и гибели линкора. Тщательно исследовав все имевшиеся материалы катастрофы, комиссия сделала три предположения о причинах пожара в носовом погребе:
1. Самовозгорание пороха.
2. Небрежность в обращении с огнем или порохом.
3. Злой умысел.

Самовозгорание пороха было признано комиссией маловероятным в качестве возможной причины пожара. На корабле хранился применявшийся при стрельбе главным калибром ленточный порох, изготовленный в 1914-14 годах, без видимых следов процесса разложения.

Небрежность в обращении с огнем или порохом были также отвергнуты комиссией, тем более, что почти все, кто находился в носовой части корабля в момент взрыва, погибли.

В отношении злого умысла отмечалось, что возможность такового не исключалась ввиду многочисленных нарушений требований устава на корабле, однако конкретные доказательства диверсии не были обнаружены.

В основном предположения строились вокруг того обстоятельства, что корабль был в 1915 году принят в состав флота не в полной готовности, в связи с чем на нем постоянно велись достроечные работы с участием рабочих и специалистов с различных заводов. В частности, в снарядном погребе носовой башни незадолго до катастрофы четырьмя рабочими с Путиловского завода осуществлялась установка лебедок. Комиссия в этой связи отмечала: «...возможность злого умысла не исключена, приведение же его в исполнение облегчалось имевшими место на корабле существенными отступлениями от требований по отношению к доступу в пороховые погреба и несовершенством проверки являющихся на корабль рабочих».

В заключении, составленном А.Н. Крыловым, ввиду отсутствия доказательств, комиссия не смогла назвать причину пожара, источник которого, как было установлено однозначно, находился в носовом погребе полузарядов: «...прийти кт очному и доказательно обоснованному выводу не представляется возможным, приходится лишь оценивать вероятность этих предположений, сопоставляя выяснившиеся при следствии обстоятельства» [2]. Таким образом, комиссия не смогла сделать однозначного вывода о причинах пожара на линкоре. Не следует, тем не менее, при всей загадочности происшедшего, склоняться в сторону «шпиономании». Линейный корабль «Императрица Мария» был единственным кораблем русского флота, погибшим от внутреннего взрыва. Однако, следует принять во внимание подобные катастрофы, имевшие место в других флотах, причем не только в военное время.