Большая часть Ан-12БК-ППС не комплектовалась громоздкими трубами для сброса отражателей - их заменили специальные прямоугольные «окна» в днище фюзеляжа самолета. В ходе эксплуатации машин дорабатывались и помеховые станции, устанавливаемые на самолете, а также улучшались средства защиты экипажа от вредного радиоизлучения. Визуально отдельные машины различались деталями в установке антенного оборудования.
В советских ВВС «рэбовские» Ан-12 занимали достаточно видное положение. При значении, придаваемом воздушно-десантным операциям, и численности ВДВ, каждый четвертый транспортник нес средства электронной борьбы. Численность Ан-12 с помеховым оборудованием позволяла рассчитывать на эффективное прикрытие боевых порядков, благо такие машины в достаточном количестве имелись практически во всех соединениях ВТА.
В целом постановщики помех составили наиболее массовую группу спецвариантов Ан-12. Оборудование этих машин на период своего создания было вполне современным, однако с появлением зенитных ракетных комплексов и РЛС нового поколения постепенно перестало отвечать требованиям времени. Считалось, что оборудование самолетов будет постоянно обновляться в строю, а в дальнейшем ожидалось принятие на вооружение новой машины аналогичного класса, созданной на базе Ил-76. Но этого не произошло, и сегодня замены некогда обширному парку машин радиоэлектронного противодействия ВТА нет.
Доработанный в транспортник Ан-12БК-ППС на Ростовском аэродроме
Большая часть Ан-12ПП и БК-ППС в настоящее время прошла переоборудование в транспортный вариант, по авиационному и радиоэлектронному оборудованию ничем не отличающийся от стандартного Ан-12БК. Эти работы, по согласованию с антоновским ОКБ, включали комплекс мер по продлению ресурса с восстановлением и заменой части силовых элементов планера — гермошпангоута кабины, панелей пола грузоотсека и его створок, новых бортовых и нижних панелей фюзеляжа вместе с каркасным набором, зашивку проемов от снятого оборудования, а также обновление агрегатов самолетных топливной, воздушной и электросистем, составляющих навигационного и связного радиооборудования на более современные модели. Внешне эти машины после переделки отличаются накладками на обшивке фюзеляжа на местах, где раньше стояли воздухозаборники системы охлаждения спецаппаратуры, на них могут отсутствовать аварийные люки по правому и левому бортам, а на части самолетов в хвостовой части от «рэбовского» прошлого сохранился массивный обтекатель. Вместе с тем при нынешнем спросе на воздушные перевозки некоторые машины списывались из ВВС и передавались в авиакомпании с минимальными переделками, фактически лишь со снятием специальной аппаратуры и сохранением на местах многочисленных обтекателей и антенн, платить за демонтаж и зашивку которых прижимистый покупатель не хотел.
Ан-12 оказался прекрасной платформой для создания летающих лабораторий (ПЛ) различного назначения. Несколько десятков самолетов этого типа было использовано самолетостроительными и моторными ОКБ, конструкторскими бюро по вооружению, оборудованию и системам летательных аппаратов, ЦАГИ, ЛИИ и другими институтами авиапрома, космической промышленности и многими другими ведомствами и организациями. Их огромное разнообразие не позволяет рассказать обо всех из них. Остановимся лишь на самых интересных.
В 1966-1969 годах на первом опытном Ан-12БК отрабатывалась система самолетовождения «Полет-1» и сброса грузов «Купол» для перспективных военно-транспортных самолетов Ан-22 и Ил-76. В 1972 году три Ан-12Б 27-й серии выпуска воронежского завода были переоборудованы в интересах подмосковного НИИ эксплуатации и ремонта авиатехники (НИИЭРАТ) в Ан-12Б ЛИАТ (лаборатория исследования авиационной техники) для обеспечения контроля за эксплуатацией авиатехники и расследования летных происшествий на аэродромах ВВС и ПВО. Самолеты несли аппаратуру, которая служила для проведения оперативной экспертизы обломков разбившихся машин, дешифровки записей бортовых самописцев и проведения дефектации различных самолетов и вертолетов. Кроме лабораторного отсека в фюзеляже, в комплект оборудования самолета входила большая палатка-полог и дополнительное бытовое оборудование. Еще один Ан-12Б был переоборудован в летающую лабораторию для метрологического контроля, проверки и тарировки измерительной техники ТЭЧ полков. Внешне эти машины отличались выхлопным устройством ВСУ слева в хвостовой части фюзеляжа самолета перед стабилизатором. Она служила для обеспечения электроэнергией лабораторного и другого оборудования самолетов при его работе на земле, а также кондиционирования грузовой кабины.
Летающая лаборатория для расследования летных происшествий, оборудованная на базе Ан-12Б 27-й серии производства Воронежского завода. Заметным отличием от обычных машин является установка вспомогательного турбоагрегата в хвостовой части фюзеляжа