При проведении испытаний системы ППО на танке №611А5 обнаружился ряд конструктивных и монтажных дефектов, которые пришлось устранять после проведения ходовых испытаний. В результате баллоны ППО, располагавшиеся горизонтально на днище корпуса (под вращающимся полом), перенесли на правый борт за аккумуляторные батареи и установили вертикально. Сифонные трубки с загнутыми концами заменили прямыми. Убрали два термозамыкателя, которые располагались между топливными баками, и разместили один термозамыкатель над двигателем (в развале блоков цилиндров, ближе на 300 мм к трансмиссионному отделению). Кроме того, переставили нижний правый диффузор в моторном отделении в лучшее положение (рожком вниз). В связи с новым расположением баллонов ППО также изменили прокладку подводных трубок (от баллонов к клапану) и соответствующей электропроводки.

Результаты испытаний подтвердили безотказную работу двигателя В-12 и надежность гусениц с траками, изготовленными из стали ТВМ. Вместе с тем, были выявлены конструктивные дефекты, не обеспечившие ТТТ к танку ИС-4. К ним относились:
-  недостаточная мощность двигателя В-12, которая ограничивала скорость танка при движении по сухому булыжному шоссе (на шестой передаче частота вращения коленчатого вала двигателя составляла только 1600 мин^-1);
-  недоиспользование полной мощности двигателя при температуре окружающего воздуха 15—20°С из-за неэффективной работы системы охлаждения;
-  сильный шум вентиляторов при работе двигателя на эксплуатационных режимах, который демаскировал танк и мешал экипажу при работе с радиостанцией и ТПУ (в полевых условиях при полном безветрии вой вентилятора одного танка был слышен за 7—8 км);
- очень сложная и частая регулировка приводов управления планетарной трансмиссии (через каждые 40—50 км) из-за плохой работы гаек автоматического регулирования (Вильсона);
-  ненадежная работа бортовых редукторов (после 675 км ходовых испытаний на машине №611А5 в правом бортовом редукторе заменили подшипники №220 и 2220 из-за выявленных повышенных радиальных и осевых люфтов; в левом бортовом редукторе аналогичные подшипники разрушились полностью);
- ненадежная работа радиостанции и ТПУ при движении танка (особенно на больших скоростях) и на стоянке при работающем двигателе. Основными помехами являлись шумы, производимые двигателем, вентиляторами и гусеницами танка;
-  большая концентрация окиси углерода СО в боевом отделении (башенный вентилятор не обеспечивал его необходимой очистки во время стрельбы при скорострельности 2 выстр./мин);
-  недостаточная обзорность механика-водителя при движении с закрытым люком (углы обзора через смотровые приборы не обеспечивали возможность уверенного вождения танка). Кроме того, вождение танка требовало особых навыков, при отсутствии которых нетренированный механик-водитель при переключении скоростей мог легко сжечь фрикционы, а на поворотах не мог повернуть машину на требуемом радиусе;
-  недоработанность системы ППО в части конструкции термозамыкателей. Тем не менее, в процессе испытания при исправной электрической схеме она обеспечивала безотказное тушение пожаров в танке.

Танк ИС-4 повалил отдельно стоящее дерево с диаметром ствола 500—550 мм. Район г. Челябинска, апрель-июнь 1947 г.

В заключении комиссия отметила, что представленные на испытания танки ИС-4 не обладали достаточной надежностью в эксплуатации и не выдержали испытания пробегом на 1000 км, предусмотренные программой, по следующим причинам:
-  выход из строя бортовых редукторов;
-  разрушение подшипников опорных катков и направляющих колес;
-  выход из строя и отказ в работе манометров давления масла в двигателе;
-  нестабильность регулировки приводов управления трансмиссией из-за плохой работы гаек автоматического регулирования;
-  преждевременный износ колодок тормозных лент мультипликатора и разрушение колодок трехскоростного редуктора третьей, шестой передач планетарной трансмиссии;
-  отказ гидросервомеханизма в приводе управления трансмиссией;
-  неэффективная работа системы охлаждения двигателя, ограничивающая движение на высших передачах при благоприятных дорожных условиях;
-  неудовлетворительная работа радиостанции и ТПУ, не обеспечивавших связь на кондиционном расстоянии (45 км) из-за акустических помех при движении и стоянке танка с работающим двигателем;
-  превышение концентрации окиси углерода СО в несколько раз против установленных норм (для промышленных предприятий) при работающих вентиляторах (двигателя и башни), что было недопустимо для интенсивно работающего экипажа танка (особенно заряжающего).

В то же время, по основным показателям изготовленные танки ИС-4 соответствовали ТТТ.

В процессе проведения ходовых и специальных испытаний большинство выявленных конструктивных и производственно-монтажных дефектов разбирались на заводской постоянно действующей комиссии у главного конструктора завода. Одновременно принимались срочные меры по их устранению как на испытуемых машинах, так и на собиравшихся в серийном производстве танках.

Все внесенные изменения были проверены в июне 1947 г. межведомственной комиссией в ходе испытаний двух головных образцов танка ИС-4, выпущенных заводом во втором квартале 1947 г. Активное участие в министерских и межведомственных испытаниях принимали представители Опытного завода №100. Межведомственные испытания вновь подтвердили, что ИС-4 по основным показателям соответствует тактико-технической характеристике, утвержденной правительством для этой машины. Однако часть основных дефектов осталась неустраненной.

Комиссией, проводившей испытания, был составлен протокол, в котором имелся перечень всех мероприятий, необходимых для устранения выявленных дефектов и улучшения конструкции танка ИС-4. В этом перечне также были учтены пожелания ГБТУ ВС, сформированные на основе изучения и анализа материалов всех ранее проведенных испытаний машин. Всего в протокол вошло 112 мероприятий, которые предлагалось внедрить уже при изготовлении установочной партии танков ИС-4. К числу основных мероприятий относились:
-  устранение разрушения и преждевременного износа подшипников бортового редуктора;
-  устранение преждевременного износа шестерен бортового редуктора;
-  обеспечение износоустойчивости колодок тормозных лент;
-  повышение работоспособности гаек Вильсона;
-  повышение работоспособности планетарной трансмиссии;
-  обеспечение постоянного момента пробуксовки фрикционов вентилятора;
-  улучшение системы охлаждения двигателя;
-  снижение уровня акустических шумов, создаваемых агрегатами танка.

Большинство указанных в протоколе мероприятий ЧКЗ внедрил в производство в 1947 г. По чертежам установочной партии в том же году собрали 25 танков ИС-4. Изготовление броневых корпусов и башен этих машин осуществлял завод №200 по чертежам и техническим условиям, утвержденным комиссией 31 июля 1947 г. в Челябинске. При согласовании документации в чертежи корпуса и башни предполагалось внести отдельные изменения, в соответствии с которыми была отработана броневая ведомость танка ИС-4. Выпуск последующих машин осуществлялся по чертежно-технической документации для серийного производства, утвержденной 8 октября 1947 г.