С учетом наращивания группировки американских ракет началось создание новых комплексов для ракеты Р-9А. Постановлением от 30 мая 1960 г. №526-226 задавалось проектирование шахтных стартов для МБР и РСД. Применительно к Р-9А шахтный комплекс получил наименование «Десна-В» («высокозащищенный»), а исходный вариант стал именоваться «Десна-Н» («наземный»). Разработку обоих видов поручили Бармину.

За основу шахтного старта были приняты простые технические решения, ранее отработанные для янгелевской Р-12, — «свободный» старт под действием тяги двигателя без применения направляющих. Стартовый стол ракеты был опущен в шахту диаметром 7,8 м на глубину 25 м, а под ним еще на 11 м в три яруса размещалось заправочное оборудование. Зазор между пусковым стаканом диаметром 5,5 м и стенками шахты обеспечивал отвод отраженной газовой струи двигателя практически без контакта с ракетой. Но за простоту и надежность заплатили очень дорого. По объему шахта в десятки раз превышала ракету. Так, стакан у стартующей на бугелях Р-16 был меньшего диаметра, несмотря на больший калибр ракеты М.К. Янгеля. Диаметр шахт обеих ракет был практически равным, хотя по тяге двигателей Р-16 вдвое превышала Р-9А. Переходная ферма стартового стола не потребовалась: ракета устанавливалась в шахту задолго до пуска, практически без ограничений по времени. Желоб кабельных коммуникаций при старте отходил к стене шахты и фиксировался в этом положении. В соответствии с практикой тех лет для ракеты был принят «групповой старт» с компактным размещением трех расположенных в одну линию шахт, командного пункта, хранилищ топлива и сжатых газов, средств электроснабжения на расстояниях в несколько десятков метров.

К концу лета 1960 г. удалось изготовить полноразмерный макет Р-9А, который вместе с вполне натурной ракетой Р-16 продемонстрировали Н.С. Хрущеву при посещении полигона. При этом руководитель партии и правительства заслушал доклад Янгеля благосклонней, чем Королева.

Кроме того, разработка Р-9А явно отставала от процесса создания ракеты Р-16, начатого еще в 1956 г. Только в августе 1960 г. стартовали огневые стендовые испытания кислородных двигателей, подтвердившие опасения Глушко. Произошло немало аварий: сказались высокочастотные колебания в камере.

	Шахтный старт ракеты Р-9А.

Правда, заранее продуманная преемственность двигателей для Р-7 и Р-9 по диаметру камер сгорания позволила уже в 1959 г. приступить к отработке экспериментального двигателя с использованием частей камер сгорания, турбонасосного агрегата с газогенератором и элементов топливной арматуры от двигателя «семерки» РД-107. При этом для обеспечения возможности форсирования камеры подавлению при ограниченной мощности серийного турбонасосного агрегата экспериментальный двигатель изготовили в двухкамерном исполнении. Основной задачей на этом этапе стал подбор оптимальных конструкций элементов камеры, в первую очередь — форсуночной головки. В ходе исследований на экспериментальном двигателе провели 63 огневых стендовых испытания, при этом уровень давления в камере довели до 81 кг/см² — величины, превышающей уровень, принятый для РД-111. Одновременно велась автономная отработка турбонасосного агрегата, его газогенератора, элементов арматуры и автоматики двигателя. В частности, было испытано много вариантов камеры газогенератора.

Для ускорения начала летных испытаний временный старт для Р-9А — площадку 51 — соорудили на НИИП-5 (он же полигон Тюра-Там, он же «космодром Байконур») на удалении всего в 300 м от площадки №1, с которой пускали «семерки». Это позволило использовать ранее созданное заправочное и другое оборудование, но грозило разрушением обоих стартов в случае аварии.

Однако авария, точнее, страшная катастрофа поджидала не «девятку», а опережающую ее по ходу отработки Р-16. Гибель Главнокомандующего Ракетными войсками маршала М.Ф. Неделина и еще 91 ракетчика в результате несанкционированного включения двигателя при работах по устранению неполадок на ракете 24 октября 1960 г. грозила любыми «оргвыводами», вплоть до прекращения разработки Р-16, но руководство страны проявило достойную мудрость. Гонка подлипчан и днепропетровцев продолжалась, и вновь впереди оказался Янгель и его сотрудники. Частично успешный старт второй летной машины Р-16 состоялся 2 февраля 1961  г., а спустя месяц и один день третья ракета слетала почти безукоризненно.

За три дня до полета Ю.А. Гагарина, в отсутствие главного конструктора, занятого подготовкой пилотируемого запуска, был предпринят первый старт Р-9А. Он едва не сорвался из-за утечки кислорода в фланцевом соединении у стартового стола. Как вспоминал Б.Е. Черток, заместитель Королева Л.А. Воскресенский проявил немалое мужество и смекалку (в духе барона Мюнхгаузена), перекрыв течь беретом, смоченным «биологической жидкостью» и мгновенно замерзшим в парах кислорода. К сожалению, из-за отказа одного из клапанов ракета потеряла управляемость на участке работы второй ступени.

Второй пуск был успешно проведен 21 апреля уже в присутствии Королева. Однако при третьем пуске ракета упала и разрушила старт. Погиб человек, вопреки инструкциям находившийся в потерне. Причиной этой аварии (так же, как и по крайне мере двух третей последующих неудач) стали высокочастотные колебания в камере двигателя. Из 15 пусков, выполненных до 26 октября, только шесть можно было отнести к числу удовлетворительных. Испытания прервали почти на пять месяцев для доработки двигателей: изменили систему пуска, а камеры укоротили на 120 мм.

Последующие три пуска, начиная с 21 марта 1962 г., оказались неудачными, но не из-за отказов первой ступени. Однако 20 апреля на 35-й секунде работы первой ступени разрушился шланг горючего. Ввели дополнительный кронштейн для его крепления и с 24 апреля по 29 июля 1962 г. провели еще восемь успешных пусков.

Заказчик, тем не менее, не рекомендовал комплекс к принятию на вооружение, так как длительность предстартовой подготовки наземного старта комплекса «Десна-Н» составила 2 ч, что втрое превышало подлетное время МБР вероятного противника. Разработка наземного боевого ракетного комплекса «Десна-Н» велась В.П. Барминым исходя из технических решений, реализованных в ранее созданных комплексах с королевскими и янгелевскими изделиями. Еще до первых пусков Р-9А стало ясно, что для комплекса «Десна-Н» не удастся обеспечить заданную постановлением возможность пуска ракеты через 30-45 мин после поступления команды из режима готовности, непрерывно поддерживаемого в течение года. Длительно хранить кислород в баках ракеты было невозможно. Между тем, ракета Р-16 при необходимости могла до месяца стоять с заправленными баками с обеспечением получасовой готовности к пуску.