Тем не менее процесс создания новой МБР шел в ранее намеченном направлении, и правительство своим Постановлением от 28 августа 1958 г. №1003-476 утвердило разработку янгелевской Р-16 с началом летных испытаний летом 1961 г. Но и Королев не оставил надежду получить военный заказ. Рассчитывая на то, что его всеми признанный авторитет не сравним со значимостью днепропетровского главного конструктора, он в сентябре 1958 г. вновь обратился с предложениями по Р-9 к Н.С. Хрущеву во время посещения партийно-государственным руководителем полигона Капустин Яр, а в декабре направил Д.Ф. Устинову предложения о создании Р-9 со стартовым весом, уменьшенным на этот раз до 70-75 т.

К этому времени на «девятку» начал работать фактор времени. Информация, поступающая из-за океана, указывала на то, что в ближайшие годы США планируют развернуть сотни межконтинентальных ракет на своей территории и не меньшее количество баллистических ракет «Поларис» на подводных лодках.

Между тем, в соответствии с августовским постановлением 1958 г. пристрелочные и зачетные испытания Р-16 предусматривалось начать не ранее конца 1962 г. Соответственно, серийное производство Р-16 планировалось только с 1963 г. с общим объемом выпуска 80 ракет до конца семилетки (1959-1965 гг.).

В качестве ответа на предстоящее массовое развертывание американских ракет было предложено, начиная с 1961 г., приступить к строительству заглубленных стартовых станций для Р-7А с размещением пусковых установок в колоссальных шахтах глубиной 50 м при диаметре 30 м, с выводом продуктов сгорания двигателей в боковом направлении, в сторону расположенных поблизости естественных склонов местности. Основные технические решения по заглубленному старту предусматривалось проверить на экспериментальной позиции на НИИП-5 («Байконур»), строительство которой начиналось в 1959 г. До завершения этих работ по Постановлению ЦК КПСС и Совета Министров СССР от 14 марта 1959 г. №276-124 предусматривалось осуществить в 1959—1961 гг. строительство по паре стартов для Р-7А на второй очереди объекта «Ангара», на новых объектах «Нева» (севернее г. Кирова) и «Днепр» (севернее г. Нижнего Тагила), а также одного старта на объекте «Дон» (у г. Тайшет). Тем же документом предписывалось в ближайшие месяцы провести рекогносцировку районов строительства заглубленных стартовых станций «семерки» или позиций ракет нового типа севернее Киева, южнее Брянска, севернее Костромы, Казани, Свердловска (ныне — Екатеринбурга), а также вдоль магистрали Пенза — Куйбышев (в настоящее время — Самара) — Челябинск — Омск — Новосибирск — Иркутск — Чита.

После утверждения постановления у Н.С. Хрущева, видимо, оставались сомнения в целесообразности явно разорительного строительства циклопических сооружений. На Совете обороны 24 марта он дал поручение проработать альтернативные предложения.

Тут-то и наступил звездный час «девятки».

Руководители госкомитетов по радиоэлектронике, авиационной технике, судостроению и главные конструкторы С.П. Королев, М.С. Рязанский, В.П. Бармин, Н.А Пилюгин, A.M. Исаев, министр обороны Р.Я. Малиновскй и его заместитель М.Ф. Неделин направили ЦК КПСС докладную записку с предложением создать мобильную, не требующую дорогостоящих стартовых сооружений ракету Р-9 в двух вариантах: кислородной Р-9А со стартовым весом 80 т и стотонной Р-9В с двигателями, работающими на азотной кислоте и близком к керосину горючем ТМ-185 — топливной паре, успешно опробованной на Р-12.

Обе ракеты имели длину 24 м при диаметре 2,68 м и могли оснащаться как автономной, так и комбинированной (с радиоуправлением) системой управления. Максимальная дальность с термоядерным зарядом, рекомендованным к тому времени для Р-16, должна была составить 12000-13000 км для кислородного варианта Р-9А и 9000-10000 км — для Р-9В на высококипящих компонентах.

ОКБ-1 предлагало выполнить эскизный проект Р-9В совместно с ОКБ-586 и ОКБ-2 A.M. Исаева, имевшего большой опыт разработки азотнокислотных двигателей, а также обещало затем полностью передать эту работу днепропетровской организации. Но в случае принятия этого предложения обнулялась почти трехлетняя работа ОКБ-586 по Р-16.

В соответствии с докладной запиской, при привлечении необходимых сил и средств летные испытания варианта Р-9А можно было начать в 1960 г., а в следующем году — приступить к выпуску серийных изделий. Однако на этой докладной записке отсутствовала подпись непосредственного руководителя большинства подписавших ее главных конструкторов — председателя Госкомитета по оборонной технике К.Н. Руднева.

Его критическая позиция в отношении «девятки» была более чем оправдана. Работы по Р-16 велись с 1956 г., уже началась наземная отработка ее агрегатов, в том числе огневые стендовые испытания экспериментальных вариантов маршевых двигателей. Хотя установленные в 1958 г. сроки испытаний и сдачи Р-16 на вооружение и не удовлетворяли руководство страны, их можно было сдвинуть на более ранний период. Это было целесообразней, чем начинать практически с нуля разработку «девятки». Кроме того, при опережающих сроках создания Р-9 утрачивался смысл работ по Р-16. Все «большое ракетостроение» практически монополизировалось ОКБ-1 и лично Королевым, перед которым, помимо прочих, уже были поставлены важнейшие задачи, связанные с освоением космоса.

Показательным являлось и то, что в докладной записке даже не предусматривалась подпись главного двигателиста В.П. Глушко. Сказались как его давно уже испорченные отношения с С.П. Королевым, так и нежелание заниматься сложными в отработке мощными кислородными двигателями.

С другой стороны, у Р-9 имелись и могущественные сторонники. Их тоже можно было понять. Дело даже не в лучшей точности Р-9А с комбинированной системой управления и не в меньшем весе и габаритах, допускающих перевозку собранного изделия (Р-16 перевозилась на двух тележках, отдельно по ступеням). Ведь в итоге ни Р-16, ни Р-9А не стали мобильными комплексами даже в понимании 1950-х гг. с уровнем подвижности, обеспеченной на Р-12. Главное заключалось в том, что Р-9А подстраховывала Р-16, в которую было заложено слишком много элементов новизны — прежде всего применение «гептила», на использование которого в Р-9В не решился Королев.

В конце концов решили начать проектирование Р-9А и одновременно ускорить разработку янгелевского изделия. Подобного рода компромиссы в дальнейшем стали своего рода традицией, радостной для конструкторов, но разорительной для экономики страны.

Докладные ЦК КПСС с предложениями по ускорению работ по Р-16 и по созданию Р-9А были направлены 18 и 20 апреля 1959 г., а через месяц — одновременно утверждены соответствующие постановления партии и правительства.

Постановление от 17 мая 1959 г. №521-235 поручило ОКБ-1 разработку МБР Р-9А со стартовым весом 80 т на дальность 12000-13000 км. Точность попадания при использовании на ракете комбинированной системы управления должна была составлять около 10 км, а с применением автономной СУ без радиокоррекции — около 15 км. При этом руководство страны справедливо отвергло предложения по Р-9В, решив не дублировать уже достаточно далеко продвинутые работы по Р-16, тем более — не свертывать их. В тот же день оно Постановлением №514-232 придало импульс для ускорения работ по Р-16 с тем, чтобы начать ее летные испытания в конце 1960 г.