В балластные цистерны постепенно поступало некоторое количество воды, незначительно уменьшающее запас ее плавучести. Приготовление к погружению производили заранее. Для погружения открывались клапана вентиляции, и вода заполняла цистерны. Все балластные цистерны были разбиты на три группы: носовая, средняя и кормовая. Вентиляция цистерн каждой группы производилась через групповую клапанную коробку. Открытие этих трех коробок производилось из центрального поста при помощи сжатого воздуха. С помощью этого устройства можно либо замедлить, либо совсем прекратить заполнение любой группы цистерн, прикрывая или совсем закрывая клапаны вентиляции. Таким образом можно управлять дифферентом лодки до последнего момента ее погружения. С момента отдачи команды "на погружение" до момента ухода на глубину 9 метров для подводных крейсеров требовалось 60—70 сек.

Во время войны в Германии встретились с большими затруднениями в отношении остойчивости больших подводных лодок. Некоторые лодки при погружении, особенно во время волнения, приобретали крен, достигавший 55 градусов на борт, и держались в таком положении до одного часа. Попытки увеличить остойчивость лодки приводили к тому, что приходилось устанавливать добавочные объемы плавучести на палубе, а в междубортном пространстве устанавливать деревянную обшивку или помещать баллоны.

Во время войны выяснилось, что необходимо уметь не только погружаться и плавать под водой при любой погоде, но и в первую очередь уверенно управлять на глубине. До войны этого не умели. Лодки легко и часто получали дифферент, что вызывало колебания по глубине, всплытие лодки и обнаружение ее противником. Причина в плохом и медленном действии рулей и неполном заполнении цистерн водой. Первый недостаток устранили по инициативе завода "Германия" введением электрического управления всеми горизонтальными рулями. К концу войны электрическое управление удалось довести до высокой точности, надежности и, главное, до полной бесшумности. Улучшение заполнения цистерн водой было достигнуто изменением формы и прокачкой их водой.

Важным фактором, обеспечивающим прямой подводный ход, является форма лодки. В мирное время немцы, как и все, находились на ложном пути и строили лодки с обводами, близкими к миноносным, этим объясняется склонность лодок U-19 — U-41 к всплытию. Боевой опыт привел немцев к правильному выводу, так что более поздние лодки имели цилиндрические обводы. Всплытие лодки в надводное положение осуществлялось продутием цистерн главного балласта сжатым воздухом высокого давления (180 кг/см²). Кроме того, на германских подводных лодках была установлена система воздуха среднего давления (12 кг/см²), которая использовалась для работы сирены, подъема и уборки радиоантенн, дистанционного разобщения муфт дизелей, включения электрического управления горизонтальными и вертикальными рулями и управления клапанами вентиляции цистерн главного балласта. В период крейсерства управление всем кораблем сосредотачивалось в центральном посту, а с началом маневрирования перед выходом в атаку переходило в рубку подводной лодки.

С началом войны рубки немецких подводных лодок значительно увеличились в своих размерах. Так на лодке U-81 они имели следующие размеры: длина 3,3 метра, ширина 1,4 метра (эллипсовидная), высота над прочным корпусом 2,55 метра. Внутри нее располагались: два перископа с приборами управления для их подъема, пост управления рулем с указателем положения руля, репитер гироскопического компаса, зеркало с рефлектором для наблюдения за магнитным компасом, установленным на ходовом мостике, машинный телеграф к дизелям, машинный телеграф к главным электромоторам, указатель числа оборотов гребных валов (с переключением на линию вала правого или левого борта), кнопка звонка экстренного погружения, управление работой отличительных огней, щит с предохранителями, переговорные трубы (в центральный пост, к носовым и кормовым торпедным аппаратам, в каюту командира, в радиорубку, в машинные отсеки), приборы для управления торпедной стрельбой (по одному циферблату на каждый торпедный аппарат), ключ клотиковой сигнализации, два глубиномера (один для нормального погружения на глубину до 20 метров, другой для глубин до 80 метров), один манометр, показывающий давление в воздушных баллонах, водомерное стекло, показывающее уровень воды снаружи рубки, маховик клапана продувания балластных цистерн, привод к расположенному снаружи рубки пневматическому свистку и сирене, прибор для регенерации воздуха, клапан подачи воздуха в рубку, станция управления заваливанием радиоантенн, дифферентометр и кренометр. Кстати, заваливаемые радиоантенны доставляли много неудобств и были малонадежны. В конце войны в качестве радиосети использовались ограждения против минрепов и сетей, состоящие из стальных тросов, которые тянулись с носа через рубку до кормы. По боевой тревоге в рубке находились два человека: командир и рулевой.