Тем временем инженер-поручик Бугаевский изучал местность, определяя запасные позиции для артиллерии и «секреты» для стрелков. В конце июня монастырь был полностью подготовлен к встрече врага.

Архимандрит Александр говорил, ободряя монахов: «Чего скорбите, братия, будто забыты мы и нет у нас войска? Нет, не забыты мы, а это божий на нас есть промысел: если отразим врага войском, то войску и слава; а наша вера где, где и упование на бога? Если же мы молитвою и верою отразим неприятеля и нам господь поможет, то будет богу хвала, обители же вечная слава, что без войска отразили супостата!»

По данным, имевшимся у защитников монастыря, вражеские корабли обязательно должны были пройти мимо Соловков на пути в Архангельск. 5 июля 1854 года архимандрит лично отправился за 20 верст в район острова Сосновая Топа⁵ с целью обнаружить вражеские корабли, если они подошли близко к Соловецкому острову. Интуиция не подвела Александра. Он остался ночевать в рыбацкой избе в месте наблюдения и 6 июля в 6 ч был извещен наблюдателями о движении каких-то пароходов по направлению к острову. В том, что обнаружены именно корабли противника, сомнений не было. Вскочив на лошадь верхом, архимандрит быстро помчался в монастырь.

День 6 июля выдался спокойным и безоблачным. В храмах монастыря все шло своим чередом, пока в восьмом часу дозорный северо-западной башни не обнаружил появление дыма вражеских пароходов. Об этом сразу же известили наместника. Для воодушевления и укрепления духа защитников тот же час началась служба. К ее концу в монастырь прибыл архимандрит Александр, сильно взволнованный появлением неприятеля. Преклонив колени перед образами, Александр читал страстные молитвы и уповал на божью помощь. После молебна был совершен крестный ход на крепостные стены, после чего его участники вернулись в храм, где настоятель обратился к присутствовавшим с речью, ободряя их и вселяя надежду.

В ожидании вражеского нападения солдаты инвалидной команды и добровольцы заняли предписанные им места на крепостных стенах, берегу и около пушек. Всем жителям монастыря, включая детей, спешно раздали оставшееся старинное оружие.

Около 10 ч утра два вражеских корабля⁶ стали на якорь в 10 верстах от острова. Это были английские пароходы, о чем свидетельствовали поднятые на них флаги. После полудня, приблизительно в 15 ч, пароходы снялись с якоря и направились на запад, по направлению к Кемскому берегу, скрывшись вскоре из виду.

Тем временем настоятель монастыря и прапорщик Н. Никонович вместе с небольшим отрядом, взяв две 3-фунтовые пушки, верхом отправились следить за неприятелем. Около 4 ч отряд курсировал по острову, наблюдая за действиями вражеских пароходов. Наконец пушки были установлены в укромном месте, на мысу за каменным пригорком. Старшим на секретной батарее поставили фейерверкера В. Друшевского; вместе с ним на батарее находились два унтер-офицера, десять рядовых инвалидной команды и небольшое количество добровольцев, вооруженных старыми ружьями.

Уход английских кораблей Александр расценил как маневр врага для введения защитников монастыря в заблуждение. И, действительно, архимандрит не ошибся. В 16 ч, всего через час после ухода, английские корабли появились вновь. Двигаясь по направлению к монастырю, они подошли на дистанцию пушечного выстрела. Оценив ситуацию, архимандрит Александр и прапорщик Н. Никонович отправились в монастырь для руководства обороной.

Первоначально англичане попытались провести переговоры, для чего на мачтах поднимались различные флаги. Однако защитники обители не понимали языка флажного свода сигналов. Продолжая попытки начать переговоры, англичане сделали два холостых выстрела, которые были неправильно истолкованы артиллеристами монастыря. Береговая батарея тут же выстрелила в ответ по английским кораблям одним 3-фунтовым ядром. В результате этого командир отряда английских кораблей дал команду к началу бомбардировки, которую вел один пароход, поочередно поворачиваясь то правым, то левым бортом; второй же тем временем стоял на якоре неподалеку.

Первая бомба весом в 1,5 пуда попала в ограду Преображенского собора, не разорвавшись. Следующий выстрел был сделан по больничному корпусу, но снаряд также не разорвался. Третья бомба угодила в Святые ворота, причем ядро чудом не попало в стоявшего у ворот Александра и монахов.

Береговая батарея В. Друшевского после третьего выстрела английского парохода очень удачно ответила огнем двух своих пушек. По словам защитников, кораблю противника были нанесены повреждения, и один англичанин получил ранение. Всего батарея сделала восемь выстрелов.

Артиллерийский огонь с крепостных стен действия не возымел, так как ядра до корабля не долетали. Получив повреждения от огня береговой батареи, английский пароход тем не менее продолжал обстрел монастыря в течение получаса. Затем он удалился за Кладбищенский мыс, став для ремонта неподалеку от берега.