Боевая работа в Шинданде велась менее интенсивно, из-за чего к осени 1988 г. там по-прежнему оставалось только дежурное звено истребителей. Дежурство в Шинданде несли посменно, давая возможность отдохнуть в тамошнем «санаторном» режиме. Здешней четверке истребителей преимущественно приходилось осуществлять ПВО аэродрома и сопровождать ударные группы штурмовиков и истребителей-бомбардировщиков. «Иранке», как звали соседей афганцы, было не до пограничных конфликтов: из-за чувствительных потерь на иракском фронте, отсутствия пополнения самолетного парка и трудностей с запчастями в ВВС Ирана осталось всего около десятка «Фантомов», несколько F-14A и до полусотни более простых F-5. Истребители Шинданда не раз видели на экранах РЛС появлявшиеся с сопредельной стороны самолеты, особенно при рейдах в районе Рабати-Джали, но те уклонялись от сближения, держа безопасную дистанцию. Тем не менее, именно на иранском направлении советским истребителям удалось одержать «чистую» победу.

В сентябре ПВО авиабазы четырежды засекала воздушное нарушение границы в провинциях Герат и Фарах, но перехватить цели не удавалось — они сразу же уходили на свою территорию, а пускать ракеты им вдогон не разрешалось. Игра в кошки-мышки затянулась, и после нескольких бесплодных попыток было принято решение отсечь нарушителей от границы и уничтожить. 26 сентября после очередной тревоги в воздух поднялись опытные летчики майор Владимир Астахов и капитан Борис Гаврилов. Выждав, пока нарушители уйдут подальше от границы, они выполнили обходной маневр и атаковали цели с запада, пустив с 7—8 км по одной Р-24Р, как и предписывалось, вглубь своей территории. Атака проводилась над безлюдным горным плато в 75 км северо-западнее Шинданда с высоты 7000 м по радиолокационному прицелу. Визуально попадания они не видели, так как противник шел в пыльной дымке у земли, но доказательством победы служили пленки ФКП, зафиксировавшие погасшие метки на экранах прицелов. Через две недели победу подтвердила пехота, во время рейда в указанном квадрате наткнувшаяся на остовы двух вертолетов.

После стычки с пакистанцами в 120-м иап имели место еще несколько случаев боевых повреждений: один МиГ-23 привез в закрылке застрявшую автоматную пулю, а фонарь самолета капитана Николая Балабухи (борт №05) был прострелен на земле при выруливании. Однако участившиеся обстрелы аэродрома едва не привели к тяжелым последствиям: при ночном минометном налете одна из мин упала прямо под носом уже пострадавшего в стычке с пакистанцами 55-го борта. На случай обстрелов самолеты по окончании полетов рассредоточивали, растаскивая по стоянкам подальше друг от друга, но в тот раз мина легла точно у самолета. Самолет чудом избежал серьезных повреждений, лишь при внимательном осмотре обнаружили срезанную осколком масленку на механизме разворота переднего колеса. Крупный осколок застрял в штабеле ящиков с боеприпасами, другими пробило борт соседнего истребителя и распороло фюзеляжный бак «спарки», из которого вылилось полтонны керосина. Следующее попадание могло превратить стоянку в костер, но злополучная мина оказалась последней. Злоключения 55-го борта на этом не кончились: еще через две недели с выруливавшего на взлет истребителя сорвалась фугасная «пятисотка», плюхнулась на бетон и покатилась в сторону. Летчик в растерянности притормозил, а выпускавшие его техники после секундного замешательства кинулись врассыпную, прячась за капониры и штабеля боеприпасов. К счастью, взрыватель не сработал. Выждав пару минут, оружейники вернулись к самолету и водрузили бомбу на место.

Помимо боевых «дырок», случались отказы техники, хотя один из наиболее серьезных случаев, приведших к потере машины, фактически стал следствием недостатков обслуживания. На МиГ-23МЛД №54 с самого начала «выплывал» дефект в работе механизма разворота колеса (МРК), используемого при рулении. Неисправность проявлялась время от времени, будучи обусловленной износом дюралевых роликов направляющей поворотом стойки. Своевременно его не заметили, и 8 ноября истребитель майора В. Кривошапко потянуло на пробеге в сторону и снесло с полосы. Вылетев на приличной скорости на грунт, самолет понесся на пост радиотехнической службы. Чтобы остановить машину, летчик стал убирать шасси, передняя стойка сложилась, и истребитель зарылся носом в землю у самого ограждения. На самолете оказалась полуоторванной носовая часть, а планер деформировался настолько, что ремонту машина не подлежала.

Двумя неделями раньше при заходе на посадку летчик МиГ-23МЛД №38 капитан К. Ворсин в спешке не выпустил закрылки. Сзади поджимала группа, садившаяся на 10-15 секундных интервалах, в небе до 10 км все было забито снижавшимися самолетами, а малый остаток топлива не позволил уйти на второй круг. Касание произошло на скорости 480 км/ч. Тут же оторвался тормозной парашют, самолет без задержки выскочил за пределы полосы и, прорвав сеть аэродромного тормозного устройства, зацепился за его трос. На этой «привязи» он описал дугу и врезался в обваловку сторожевого поста, где стояла БМП охранения. Сидевшие на броне бойцы кубарем полетели в разные стороны. Обошлось без жертв и раненых, но на зарывшемся в каменистый грунт самолете снесло все антенны и датчики на носу, сильно помяло фюзеляж до кабины, подломилась передняя стойка и даже воздухозаборники были набиты землей. Больше всего пострадало крыло, сместившееся в плане на 4° из-за деформации центропланной силовой рамы, коробка которой была смята, а ее стальная диафрагма 5-мм толщины прорвана в нескольких местах, словно бумажная. На восстановление истребителя ушло два месяца и по бумагам он считался возвращенным в строй. После этого его перегнали на ремзавод в Союз, где при более тщательном осмотре помятый самолет признали не подлежащим дальнейшей эксплуатации.

Капитан Сергей Лубенцов катапультировался под Шиндандом 11 января 1989 г. после отказа двигателя. Его МиГ-23МЛД стал последним боевым самолетом, потерянным в Афганистане	«Жемчужина Забайкалья» и F-16 в прицеле МиГа на эмблеме 120-го иап