Зафиксировать последствия атаки, не полагаясь только на эмоциональные доклады летчиков, требовалось по очевидным соображениям - ожившее пулеметное гнездо или уцелевший опорный пункт мог доставить серьезные неприятности и привести к ненужным жертвам, а то и поставить под угрозу дальнейшее выполнение задачи войск. Для дневной и ночной фотосъемки местности применялись МиГ-21Р, оснащенные подвесными контейнерами с набором разведывательного оборудования. Для ночной съемки применялись фотоаппараты с осветительными патронами. Выполнялась также разведка с помощью комплекта телевизионной аппаратуры, передававшей изображение снимаемой местности на наземный КП, что обеспечивало наглядность и оперативность передаваемой информации. В состав оборудования МиГ-21Р входил и магнитофон, на который летчик записывал "путевые впечатления" о замеченных объектах, их расположении и приметных ориентирах. За первый год войны разведчики эскадрильи выполнили более 2700 вылетов (в среднем, по 156 вылетов на экипаж).

Помимо вылетов на аэрофотосъемку, МиГ-21Р привлекались для ведения радиотехнической разведки. Она осуществлялась средствами аппаратуры специального подвесного разведконтейнера, фиксировавшей местоположение и характеристики радиоизлучающих средств. Задачей являлось вскрытие состояния ПВО Пакистана в прилегающих к границе районах, откуда могло ожидаться противодействие зенитных средств и истребителей соседей. С января по декабрь 1980 года были выполнены свыше 600 вылетов на радиотехническую разведку, в результате которых были выявлены РЛС в целом ряде районов Пакистана, на его аэродромах и объектах ПВО.

Разведывательные МиГи использовались при ночных ударах, подсвечивая район налета "люстрами" - осветительными авиабомбами САБ-100 и САБ-250. Они участвовали в атаках и поиске караванов с оружием, особенно по ночам, благо разведчики были в числе немногих, кому поручалась рискованная ночная работа в горах (если днем досмотр вели поисковые группы на вертолетах, то скрывавшийся в темноте караван вез явно не изюм, и его судьба решалась однозначно). Экипажи МиГ-21Р, лучше других знавшие, где искать цель, вели и "свободную охоту" - самостоятельный поиск и уничтожение противника. В этом случае они несли подвесные баки, две РБК-250-275 или две-четыре крупнокалиберных ракеты С-24. На МиГ-21Р эскадрилья пролетала до весны 1984 года, когда "двадцать первые" в ее составе сменили новые Су-17М3Р.

Летчики 263-й разведэскадрильи у своего МиГ-21Р. Кабул, 1982 год	Личный состав 263-й разведэскадрильи

С лета 1984 года МиГ-21 в авиации 40-й армии сменили более современные истребители МиГ-23. Однако и после этого заслуженный самолет не был отправлен в отставку и участие "двадцать первых" в афганской кампании продолжалось. 115-й гв. иап продолжал летать на МиГ-21бис до самого конца афганской войны, периодически привлекаясь к поддержке боевых действий в северных районах Афганистана уже со своего аэродрома. Полк к этому времени насчитывал в трех эскадрильях 32 боевых МиГ-21бис и восемь "спарок" МиГ-21УМ, представляя реальную силу, находившуюся буквальным образом под рукой. Кокайты располагались куда ближе к месту проведения операций, чем аэродромы базирования ВВС 40-й армии, а приграничные провинции "на той стороне" были отлично знакомы летчикам, из года в год работавшим в этих краях. Основные районы, куда приходилось совершать боевые вылеты, находились у Мазари-Шарифа, Кундуза, Талукана, Пули-Хумри и Файзабада. В обычных случаях МиГи могли появиться в нужном месте буквально через считанные минуты, однако некоторые вылеты приходилось выполнять на пределе досягаемости, используя подфюзеляжный подвесной бак ПТБ-800.

Последней войсковой операцией с участием МиГ-21 из Кокайты стала Рамитская, проводившаяся войсками в районе одноименного ущелья в районе Айбак — Пули-Хумри в марте 1988 года. В последующее время с началом вывода войск боевые действия наземных частей были сведены к минимуму для сокращения потерь и осуществлялись лишь для сдерживания противника.