Последним же летным происшествием в «советский» период эксплуатации Ан-12 стала катастрофа при посадке в Амдерме 16 ноября 1991 г., сопровождавшаяся трагическими последствиями — врезавшийся в постройки при заходе в сложных метеоусловиях и обледенении самолет унес жизни 23 человек. Что касается эксплуатации Ан-12 в последующие годы, то на их службе стали сказываться постепенно подходивший к концу ресурс агрегатов и двигателей, появление «контрафактных» запчастей неясного происхождения и участившиеся инциденты по вине некондиционного топлива, качество которого и содержание посторонних примесей могли находиться на грани допустимого. В одном таком случае изношенность техники едва не привела к тяжелым последствиям, и только находчивость экипажа спасла положение: в начале 1992 г. на Ан-12БК майора Беспалова, принадлежавшем авиации ПВО, при посадке не становилась на замок основная стойка шасси. Разобрав пол, летчики застропили барахлившую стойку грузовой кран-балкой, усилием которой поставили на место и, зафиксировав ее в выпущенном положении, выполнили нормальную посадку.

С помощью лома и топора 2 февраля 1999 г.пришлось устранять отказ и экипажу ивановского Ан-12БК. После взлета и уборки шасси обнаружилось, что из-за поломки тяг остались открытыми створки основных стоек, висящие под фюзеляжем. Летчикам пришлось вскрывать пол, добираясь до створок, и при посредстве лебедки и кран-балки ставить их на место.

Средний же показатель аварийности Ан-12 в авиации Вооруженных Сил России в начале 2000-х гг., характеризующий авиационную безопасность этого типа, составил 5,2 на 100 тыс. ч налета (другими словами, налет на одно авиационное происшествие равнялся примерно 20 тыс. ч). Этот показатель выглядел в 2,5—3 раза лучше по сравнению с основными типами боевых машин, однако существенно уступал вертолетам армейской авиации и, парадоксальным образом, даже собратьям по транспортной авиации — двухмоторные Ан-26, эксплуатирующиеся не менее интенсивно, отличались наименьшей во всей военной авиации аварийностью, характеризующейся налетом на одно происшествие с потерей самолета в 66 тыс. ч и превосходя Ан-12 по этому показателю безопасности в три с лишним раза!

Инцидент с Ан- 12БК в аэропорту Толмачево 18 марта 2005 г. При грубой посадке была подломлена передняя стойка шасси

Машины стареют, изнашивается техника, множатся отказы, особенно ощутимые при нехватке комплектующих, снимаемых с производства. После того, как в Ростовском транспортном авиаотряде северо-кавказской 4-й ВА ВВС и ПВО в начале 2003 г. трижды кряду на Ан-12 случались проблемы с уборкой и выпуском шасси, руководство армейского объединения констатировало: «Большое количество серьезных авиационных инцидентов из-за отказов техники объективно говорит о том, что авиационная техника, состоящая у нас на вооружении, уже практически выработала свой ресурс, который неоднократно продлялся, в частности, самолетам Ан-12 до 35 лет. Очень остро ощущается дефицит запасных частей и агрегатов, что приводит к необходимости использования агрегатов, снятых с простаивающих воздушных судов».

Последним летным происшествием с Ан-12 в российской военной авиации стала авария в хабаровском 257-м ОСАП, произошедшая 15 марта 2002 г. Борттехник самолета по ошибке убрал шасси при посадке, решив, что командир уходит на второй круг, что прошло незамеченным остальными. На самом деле командир лишь слегка прибрал штурвал, поправляя движение самолета на глиссаде. Самолет выполнил классическую посадку «на живот» на бетонку, после чего о его восстановлении говорить уже приходилось. Едва не окончился аварией и случай на новосибирском аэродроме Толмачево 18 марта 2005 г., где командир Ан-12БК при посадке на заснеженную грунтовую полосу ухитрился «приложить» самолет с опережением на переднюю ногу, дав затем пару «козлов» и сломав стойку. По счастью, зарывшимся в снег носом дело и закончилось без более серьезных последствий.

Несмотря на свой возраст, Ан-12 продолжает удовлетворять требованиям к своему классу, и потребность в продолжении службы привела к разрешению эксплуатации самолетов этого типа «по состоянию». Ресурс доработанных Ан-12 сейчас продлен до 43000 летных часов, 16000 полетов или 40 лет эксплуатации, что обеспечивает им службу в течение, как минимум, еще десяти лет. В воздухе самолет уже встретил свое пятидесятилетие, замены ему не предвидится и можно не сомневаться, что и дальше мы будем видеть нестареющий Ан-12 в небе.