В 1985 г, две эскадрильи полка приступили к переучиванию на новую авиационную технику — самолет МиГ-31, а в 1989 г. полк в полном составе завершил переучивание на МиГ-31. Эти самолёты по сегодняшний день состоят на вооружении полка. Первые четыре МиГ-31 полк получил в 1985 г. вместе с одной спаркой МиГ-25ПУ. До штатной численности количество МиГ-31 довели в 1987 г. Вместе с 31-ми на вооружении состояли Су-15ТМ и Су-15УМ. В 1989 г. полк полностью перевооружили на МиГ-31.

За время эксплуатации в полку самолёта МиГ-31 лётный и инженерно-технический состав неоднократно обеспечивал выполнение боевых задач по сопровождению иностранных самолётов в нейтральных водах и вблизи государственной границы СССР, а затем и Российской Федерации, вступая с ними в радиолокационный и визуальный контакт. 13 апреля 1994 г. экипаж МиГ-31 в составе майора А.А. Пшигошева и капитана В.В. Величко предотвратил нарушение государственной границы РФ американским самолетом Цессна-550.

В 1990-е гг. поставки авиационного топлива, запасных частей, материальных ресурсов постоянно сокращались, вследствие чего в 1995 г. лётная подготовка в полку практически «сошла на нет». В полк для несения боевого дежурства, прибыли подготовленные экипажи МиГ-31 с аэродромов западной части России, однако несение боевого дежурства пришлось прекратить из-за отсутствия топлива. В этот период, к огромному сожалению, полк потерял много опытных и подготовленных лётчиков, штурманов, авиационных специалистов, уволившихся из рядов ВС РФ по причине отсутствия полётов и хронических невыплат денежного довольствия. Полёты в 1996— 2000 гг. выполнялись лишь небольшим количеством подготовленных лётчиков и штурманов, так называемым «оргяд-ром». Летные навыки даже опытные экипажи поддерживали на минимально необходимом для несения боевого дежурства уровне.

К материальным неурядицам добавились организационные. Поиски «облика» начал отнюдь не министр Сердюков... В 1998 г. прекратили свое существование как вид вооруженных сил Воска ПВО Страны. 865-й иап ПВО оказался вроде как никому и не нужным... То есть перехватчики ПВО на Камчатке нужны, а кому их подчинить не понятно. Ситуация разрешилась парадоксальными образом — в ВМФ появилась авиация ПВО: с 1-го июля 1998 г. 865-й иап вошел в состав морской авиации Тихоокеанского Флота. С этого момента полк становится «морским», то есть переподчинен Военно-Морскому Флоту России, при этом основная задача полка не изменилась — несение боевого дежурства по противовоздушной обороне, защита воздушных рубежей Российской Федерации.

В составе ВМФ полк неоднократно принимал участие в различных учениях, сбор-походах, успешно, несмотря на все объективные и субъективные сложности, решая все поставленные задачи. Некоторое время шла взаимная «притирка» летчиков и моряков. На флоте не совсем понимали, какое оружие получили и как его использовать. Летчики справедливо опасались дальнейшего снижение налета и, что может быть даже важнее, формальной постановки задач. Но стороны быстро пришли к «консенсусу». К радости моряков, выяснилось, что МиГ-31 способен не только защищать воздушные рубежи страны, но также эффективно осуществлять прикрытие кораблей на переходе. Летчики открыли для себя новые качества великолепного комплекса перехвата, приступив к отработке на постоянной основе задач по уничтожению противокорабельных ракет.

Полеты, авиабаза Елизово, июнь 2011 г.